结论：在代收公司房租被起诉的情况下，对方有可能申请法院调查个人账户流水，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下从不同角度展开分析：

1. 对方是否有权申请调查个人账户流水？

• 法律依据：根据《民事诉讼法》第六十四条，当事人因客观原因不能自行收集的证据（如银行流水），可申请法院调查取证。若对方能证明你的账户流水与案件直接相关（如证明租金未转入公司账户、涉嫌挪用等），法院可能批准调查申请。
• 关键点：对方需提供初步证据（如合同、转账记录等），证明你的个人账户与案件存在关联性，否则法院可能驳回申请。

2. 法院是否会批准调查申请？

• 审查标准：法院会严格审查调查的必要性。若对方仅以“怀疑”为由申请调查，而无具体证据支撑，法院通常不会批准。但若对方能证明你的行为可能涉及违法（如职务侵占、隐匿财产等），法院更可能同意调查。
• 例外情形：若你主动提供账户流水或承认相关事实，法院可能无需依职权调查。

3. 个人账户流水会被调查的范围

• 时间范围：通常限于案件争议期间（如代收租金的时间段）。
• 账户范围：仅调查与案件相关的账户（如你代收租金的账户），不会无差别调查所有账户。
• 隐私保护：根据《个人信息保护法》，法院调查需严格限定在必要范围内，不得泄露无关信息。

4. 如何应对对方申请调查？

• 主动举证：若你已将租金全额转交公司，可提前整理转账记录、公司收据等证据，证明资金流向合法，降低对方申请调查的成功率。
• 提出异议：若认为对方申请无依据，可在收到法院通知后提出书面异议，要求法院驳回申请。
• 法律后果：若法院批准调查且发现你存在违法行为（如挪用租金），可能面临民事赔偿甚至刑事责任。

5. 实务建议

• 保留证据：代收租金时务必通过公司账户或留存书面委托手续，避免个人账户混同。
• 及时沟通：若被起诉，建议主动与对方协商解决，减少诉讼风险。
• 法律程序：若案件进入诉讼阶段，务必按法院要求配合调查，避免因拒不配合被罚款或拘留。

总结：对方能否查你的个人账户流水，取决于其能否证明调查的必要性。建议提前整理证据、规范财务流程，并在诉讼中积极应对。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。