采购合同配合签署三方补充协议，在符合法律规定和合同约定的情况下，是合法的。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法律背景与依据
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上，有权自由约定合同的内容，包括合同的变更、补充等。因此，采购合同的双方，在协商一致的基础上，可以签署补充协议来修改或补充原合同的内容。
三方协议的合法性：当采购合同涉及多方利益时，为了明确各方的权利和义务，可以签署三方（或多方）补充协议。这种协议在法律上是被认可的，只要其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且各方当事人均具备相应的民事行为能力，意思表示真实，那么该协议就是有效的。
二、合法性的具体判断标准
主体资格：签署三方补充协议的各方当事人必须具备相应的民事行为能力，即能够独立进行民事活动，承担民事责任。如果任何一方当事人不具备相应的民事行为能力，那么该协议可能因主体不适格而无效。
意思表示真实：各方当事人在签署三方补充协议时，必须意思表示真实，即协议的内容是各方当事人的真实意愿，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。如果协议内容存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能因意思表示不真实而无效。
内容合法合规：三方补充协议的内容必须符合法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，那么该协议将因内容违法而无效。
三、实际操作中的注意事项
明确协议目的和内容：在签署三方补充协议前，各方当事人应明确协议的目的和内容，确保协议能够准确反映各方的真实意愿和利益诉求。
审查协议条款：各方当事人应仔细审查协议条款，确保协议条款清晰、明确、无歧义，并符合法律、行政法规的规定。
签署和履行协议：在签署协议时，各方当事人应确保签署过程合法合规，并按照协议约定履行各自的义务。如果任何一方当事人违反协议约定，应承担相应的违约责任。
四、可能存在的法律风险及防范
协议无效风险：如果三方补充协议因主体不适格、意思表示不真实或内容违法等原因而无效，那么各方当事人可能无法依据协议主张权利或承担义务。因此，在签署协议前，各方当事人应充分评估协议的有效性风险，并采取相应的防范措施。
违约责任风险：如果任何一方当事人违反协议约定，应承担相应的违约责任。因此，在签署协议时，各方当事人应明确违约责任条款，并约定相应的违约赔偿方式。
总结来说，采购合同配合签署三方补充协议在符合法律规定和合同约定的情况下是合法的。但各方当事人在签署协议前应充分评估协议的有效性风险，并采取相应的防范措施，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。