结论：在法院已裁决冻结3500万元股权的情况下，若该股权所属公司名下的在建房地产与案件存在直接关联或属于被执行人财产，且满足一定条件，法院是可以查封这些房产的。
分析说明：
查封的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行过程中，有权对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结等措施，以确保判决或裁定的有效执行。这里的“财产”包括但不限于银行存款、房产、股权等。
股权冻结与房产查封的关系：
- 股权冻结本身并不直接导致房产被查封，但如果股权所属公司名下的房产与案件存在直接关联（如作为债务担保物），或者该房产属于被执行人（即股权持有者或相关责任主体）的财产，且该财产未被其他法律文书明确排除在执行范围之外，那么法院在执行过程中有权对这些房产进行查封。
查封房产的具体条件：
- 关联性：房产需与案件存在直接关联，如作为债务担保、属于被执行人财产等。
- 未被排除：该房产未被其他法律文书（如其他法院的查封令、保全令等）明确排除在执行范围之外。
- 执行必要性：法院需认为查封该房产是执行判决或裁定的必要措施，且不会损害其他合法利益。
实际操作中的考虑因素：
- 房产价值评估：法院在查封房产前，可能会对房产的价值进行评估，以确保查封的财产价值与案件执行标的相当。
- 第三人权益保护：如果房产涉及第三人的权益（如租赁权、抵押权等），法院在查封时会考虑这些权益的保护，避免损害无辜第三人的利益。
- 执行效率与成本：法院在决定是否查封房产时，还会考虑执行效率与成本，确保执行措施既有效又经济。
行动建议：
- 如果您是案件的被执行人或相关责任主体，且担心名下房产可能被查封，建议尽快与法院沟通，了解案件执行进展，并主动履行判决或裁定中的义务，以避免不必要的法律后果。
- 如果您认为法院的查封措施存在不当之处，如查封了与案件无关的财产或损害了您的合法权益，您可以依法向法院提出执行异议或申请复议，以维护自己的合法权益。
后续思考：
- 在处理此类案件时，法院会综合考虑多种因素来决定是否查封房产，包括但不限于房产的关联性、价值、第三人权益保护以及执行效率与成本等。
- 作为当事人，了解并遵守相关法律法规，积极配合法院的执行工作，是维护自己合法权益的重要途径。同时，如果认为法院的执行措施存在不当之处，也应依法提出异议或申请复议。
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