针对“非法行医两千人怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，非法行医行为严重违反了我国相关法律法规，对公众健康构成极大威胁，必须依法予以严惩。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、非法行医的法律定义与后果
非法行医，通常指的是未取得医生执业资格的人擅自从事医疗活动，包括诊断、治疗、开药等行为。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条：“未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。”
- 情节严重：一般指非法行医次数多、涉及人数广、造成一定社会影响等情形。针对您提到的“非法行医两千人”，这显然属于情节严重的范畴。
- 严重损害就诊人身体健康：如果非法行医行为导致就诊人身体受到严重伤害，如残疾、器官功能丧失等，将面临更严厉的刑罚。
- 造成就诊人死亡：这是非法行医行为中最严重的后果，将受到十年以上有期徒刑，甚至无期徒刑或死刑的严厉惩罚（不过死刑在非法行医罪中较为罕见，需根据具体案情判断）。
二、处理非法行医两千人的具体措施
立案侦查：
- 公安机关在接到举报或发现非法行医线索后，应立即立案侦查，收集相关证据，如就诊记录、药品来源、行医场所等。
- 对涉嫌非法行医的人员进行传唤、询问，并可能采取强制措施，如拘留、逮捕等。
刑事追诉：
- 检察机关在审查公安机关移送的案件材料后，认为符合起诉条件的，将向人民法院提起公诉。
- 人民法院将依法审理案件，根据事实和法律作出判决。对于非法行医两千人的案件，由于情节严重，很可能面临较重的刑罚。
行政处罚：
- 除了刑事追诉外，卫生行政部门还可以对非法行医者进行行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销执业证书等。
- 这些行政处罚旨在进一步打击非法行医行为，保护公众健康。
民事赔偿：
- 如果非法行医行为导致就诊人受到损害，就诊人还可以依法向非法行医者提起民事诉讼，要求赔偿损失。
- 赔偿范围包括医疗费、误工费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等。
三、对公众的建议
- 提高警惕：公众在选择医疗服务时，应仔细核查医生的执业资格和医疗机构的合法性，避免选择非法行医者。
- 及时举报：如果发现非法行医行为，应及时向当地卫生行政部门或公安机关举报，以便及时查处。
- 维护权益：如果因非法行医行为受到损害，应依法维护自己的合法权益，通过法律途径要求赔偿。
作为专业律师，我提醒您，非法行医行为严重危害公众健康，必须依法予以严惩。如果您或您身边的人遇到非法行医问题，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。