结论：第三方公司发工资而本公司缴纳公积金的情况，其合法性需根据具体劳动关系和合同约定来判断，不能一概而论。
一、劳动关系与工资发放、公积金缴纳的关系
劳动关系认定：
- 劳动关系的认定通常基于劳动者与用人单位之间是否存在事实上的劳动管理关系，包括但不限于工作安排、考勤管理、工资支付等。
- 如果劳动者实际上是与本公司建立劳动关系，但工资由第三方公司代发，这并不必然改变劳动关系的本质。关键在于劳动者是否受本公司的管理和支配，以及是否为本公司提供劳动。
工资发放与公积金缴纳的分离：
- 工资发放和公积金缴纳是两个独立的法律行为。工资发放通常与劳动关系直接相关，而公积金缴纳则依据《住房公积金管理条例》的规定，由用人单位为职工缴纳。
- 如果本公司与劳动者存在劳动关系，并且按照法律规定为职工缴纳了公积金，那么即使工资由第三方公司发放，也不违反法律规定。
二、合法性判断
合法情况：
- 如果本公司与劳动者签订了劳动合同，建立了劳动关系，并且按照法律规定为职工缴纳了公积金，同时与第三方公司约定由其代发工资，这种情况是合法的。
- 这种情况下，第三方公司只是作为工资代发方，并不改变劳动者与本公司之间的劳动关系。
可能违法的情况：
- 如果本公司与劳动者之间没有建立劳动关系，而是试图通过第三方公司发放工资并由本公司缴纳公积金的方式来规避法律责任，这种情况可能构成违法。
- 例如，如果本公司将劳动者挂靠在第三方公司名下，但实际上劳动者并未为第三方公司提供劳动，而是为本公司提供劳动，这种情况下可能涉及虚假劳动关系和逃避社保缴纳义务的问题。
三、法律建议
明确劳动关系：
- 本公司应与劳动者明确劳动关系，签订书面劳动合同，并确保劳动合同的内容符合法律规定。
- 如果确实需要由第三方公司代发工资，应在劳动合同中明确约定，并确保不违反相关法律法规。
合规缴纳公积金：
- 本公司应按照《住房公积金管理条例》的规定，为职工及时、足额缴纳公积金。
- 如果发现公积金缴纳存在违规行为，应及时纠正并补缴欠缴的公积金。
咨询专业律师：
- 如果对劳动关系、工资发放和公积金缴纳等问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。
总结：第三方公司发工资而本公司缴纳公积金的情况，其合法性取决于具体的劳动关系和合同约定。如果本公司与劳动者建立了合法的劳动关系，并且按照法律规定为职工缴纳了公积金，同时与第三方公司有合法的工资代发约定，那么这种情况是合法的。如果有任何疑问或争议，建议直接向我咨询以获取更具体的法律建议。