一份协议中约定多份违约金，在符合法律法规、基于真实意思表示、数额合理且违约情形明确约定的条件下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这一条款为协议中约定多份违约金的合法性提供了法律基础。
合法情形的具体条件
真实意思表示：
- 协议中的多份违约金条款必须是各方当事人在平等、自愿、公平的基础上，经过充分协商后达成的真实意思表示。这要求协议签订过程中不存在欺诈、胁迫等导致合同无效或可撤销的情形。例如，在一份复杂的商业合作协议中，各方可能针对不同的违约情形（如未按时付款、未履行特定义务等）分别约定了违约金，这些约定应当是各方真实意愿的体现。
违约金数额合理性：
- 约定的多份违约金数额应当与各自可能造成的损失相当，既不过高也不过低。如果某份违约金的数额不合理，当事人可以请求人民法院或仲裁机构进行适当调整。合理的违约金通常不会超过因违约可能给对方造成的合理预期损失范围。例如，在一份买卖合同中，针对延迟交货和货物质量问题分别约定了违约金，这两份违约金的数额应当分别与延迟交货和货物质量问题可能造成的损失相当。
违约情形明确性：
- 协议中应明确列出哪些情况构成违约，以及对应的违约金条款。这有助于在一方违反协议时能够准确判断是否需要支付违约金，以及支付哪份违约金。例如，在一份服务合同中，可能针对服务未按时提供、服务质量不达标等不同违约情形分别约定了违约金，这些违约情形和对应的违约金条款应当明确无误。
不合法或无效的情形
违反法律法规强制性规定：
- 如果协议中的多份违约金条款违反了法律法规的强制性规定（如某些地方的劳动法规对违约金数额的限制），则相关条款将被视为无效。
显失公平的情况：
- 如果多份违约金条款的约定明显不公平，严重损害了一方当事人的利益（如一方利用其优势地位约定过高的违约金），相关条款可能被认定为显失公平而无效。
实际应用中的注意事项
- 在签订协议时，应明确约定多份违约金的数额、计算方式及适用条件，确保条款的清晰性和可操作性。
- 双方应充分考虑违约金的合理性，避免过高或过低的约定，以减少未来可能的法律纠纷。
- 在遇到违约金争议时，应及时寻求法律途径解决，如协商、调解、诉讼或仲裁等。
总结来说，一份协议中约定多份违约金在符合上述条件时是合法的。在实际应用中，双方应谨慎约定违约金的数额和条件，确保其合理性和可执行性，以维护合同的严肃性和双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。