拒绝公安机关扣车是否违法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣车情形
依据法定程序扣车：
- 公安机关在办理刑事案件或行政案件时，若车辆与案件直接相关（如作为犯罪工具、赃物或证据），且符合《刑事诉讼法》、《公安机关办理刑事案件程序规定》或《行政处罚法》、《治安管理处罚法》等相关法律法规规定的扣车条件，公安机关有权依法扣车。
- 在此情况下，若车主或管理人拒绝扣车，可能构成妨碍公务或拒不执行行政决定等违法行为，公安机关有权采取强制措施。
紧急情况下的扣车：
- 在紧急情况下，如车辆涉嫌严重交通违法、存在重大安全隐患或可能用于实施犯罪等，公安机关为防止危害发生或扩大，可依法先行扣车，并在事后补办相关手续。
- 车主或管理人在此情况下拒绝扣车，同样可能面临法律责任。
二、非法扣车情形
无合法依据扣车：
- 若公安机关扣车缺乏明确的法律依据或未按照法定程序进行（如未出具扣车决定书、未告知扣车理由等），则构成非法扣车。
- 车主或管理人有权拒绝非法扣车，并可向公安机关的上级部门或监察机关投诉，甚至通过法律途径维护自身权益。
超范围、超期限扣车：
- 公安机关扣车应严格限定在案件需要的范围内，且扣车期限应符合法律规定。若公安机关超范围、超期限扣车，同样构成违法行为。
- 车主或管理人可要求公安机关立即返还车辆，并可就超范围、超期限扣车造成的损失主张赔偿。
三、法律建议
核实扣车依据：
- 当公安机关要求扣车时，车主或管理人应首先核实扣车的法律依据和程序是否合法。若存在疑问，可要求公安机关出具相关法律文书或说明扣车理由。
配合与维权并重：
- 在确认扣车合法的情况下，车主或管理人应配合公安机关的工作。但若认为扣车行为违法或侵犯自身权益，应及时通过合法途径维权，如投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。
保留证据：
- 无论扣车是否合法，车主或管理人都应保留好相关证据（如扣车决定书、现场照片、视频等），以便在后续维权过程中提供有力支持。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。