当行政机关的行政处罚被撤回（即撤销）后，对于已缴纳的罚款，应当按照以下步骤和原则进行处理：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在实施行政处罚时应当确保决定的合法性与适当性。若行政处罚因存在错误（如主要事实不清、证据不足、适用依据错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权或明显不当等情形）而被撤销，那么行政机关有义务纠正其错误行为，这自然包括退还已缴纳的罚款。

二、处理流程

1. 当事人提出退款申请：

   • 当事人在得知行政处罚被撤销后，应及时向作出处罚决定的行政机关提出退款申请。
   • 申请时，需提供相关证明材料，如行政处罚决定书、缴纳罚款的凭证等，以证明罚款已经缴纳且行政处罚已被撤销。

2. 行政机关审核与决定：

   • 行政机关在收到退款申请后，会对申请材料进行审核，确认行政处罚是否已被撤销以及罚款是否已缴纳。
   • 如果审核通过，行政机关会作出退还罚款的决定，并通知当事人。

3. 执行退款：

   • 行政机关会按照规定的程序和时间节点，将已缴纳的罚款退还给当事人。
   • 退款方式可能因地区和行政机关的不同而有所差异，但通常会通过银行转账等安全、便捷的方式进行。

三、注意事项

1. 及时申请：当事人在得知行政处罚被撤销后，应尽快提出退款申请，以免错过退款期限或因行政机关内部流程导致退款延迟。

2. 保留证据：在整个过程中，当事人应妥善保管好相关证据材料，如行政处罚决定书、缴纳罚款的凭证、退款申请及回复等，以备不时之需。

3. 法律救济途径：如果行政机关拒绝退还罚款或拖延退款时间，当事人有权通过行政复议、行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。这些途径为当事人提供了有效的救济手段，确保其权益不受侵害。

四、特殊情况处理

• 如果行政处罚被撤销后，行政机关发现因该处罚给当事人造成了其他损失（如误工费、精神损失费等），且这些损失与行政处罚有直接因果关系，那么当事人也有权依法要求行政机关进行赔偿。

综上所述，当行政机关的行政处罚被撤回后，已缴纳的罚款应当予以退还。当事人应按照上述流程和注意事项进行操作，以确保自己的合法权益得到保障。