当劳动争议案件中的仲裁申请超过法定时效时，法院的处理方式会依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、仲裁时效的法律规定
首先，我们需要明确仲裁时效的法律规定。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这一时效期间可能因特定情形（如向对方当事人主张权利、请求权利救济或对方同意履行义务）而中断，也可能因不可抗力或其他正当理由导致无法在时效内申请仲裁而中止。在劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效限制，但劳动关系终止后一年内需提出。
二、超过仲裁时效的法律后果
若当事人在仲裁时效期间内未申请仲裁，将丧失通过仲裁程序解决争议的权利。此时，当事人可能选择向法院提起诉讼，但需注意诉讼时效问题，因为超过仲裁时效并不意味着超过诉讼时效，但诉讼时效的审查也是法院审理案件时需要考虑的因素之一。
三、法院对超过仲裁时效案件的处理方式
审查时效抗辩权行使情况：
- 如果被告在诉讼中未提出时效抗辩，法院通常不会主动适用时效规定来驳回原告的诉讼请求。
- 如果被告提出时效抗辩，并且抗辩成立（即原告确实超过了仲裁时效，且不存在时效中断、中止等法定事由），法院将驳回原告诉讼请求。
判断时效抗辩是否成立：
- 法院会重点审查是否存在时效中断、中止等法定事由。例如，原告能否证明在时效期间内向被告主张过权利，或者是否存在不可抗力等正当理由导致时效中止。
- 如果存在上述事由，时效将重新计算或暂停计算，因此被告的时效抗辩将不成立。
作出裁判结果：
- 如果时效抗辩成立，法院将以判决形式驳回原告的诉讼请求。
- 如果抗辩不成立，法院将依法审理实体争议，并根据案件事实和法律规定作出裁决。这可能包括支持原告的部分或全部诉讼请求，具体取决于案件的具体情况和法律规定。
四、特殊情况下的处理
- 在某些情况下，即使劳动者的仲裁申请超过了时效，法院也可能认为用人单位存在过错或违法行为，或者劳动者的权益受到了严重侵害，因此可能会支持劳动者的部分或全部诉讼请求。这需要根据具体案件事实和法律规定进行综合判断。
- 如果法院认为原仲裁裁决存在错误或遗漏重要事实，可能会将案件发回仲裁机构重新审理，或者直接改判。但这通常发生在仲裁程序存在严重违法或裁决结果明显不公的情况下。
五、建议
对于劳动者而言，为了避免因超过仲裁时效而丧失维权机会，建议：
- 及时了解并行使自己的权利，一旦发现权益受到侵害，应尽快申请仲裁。
- 保留好相关证据，如工资单、劳动合同、工作证等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。
- 如果对仲裁结果不满或仲裁申请超过时效，可以考虑在诉讼时效内向法院提起诉讼，但需注意诉讼时效的起算点和期限。
综上所述，当劳动仲裁申请超过法定时效时，法院的处理方式会综合考虑多方面因素，包括时效抗辩权的行使情况、时效中断或中止的法定事由以及案件的具体事实和法律规定。