根据《中华人民共和国农产品质量安全法》相关规定，畜禽养殖场未建立养殖档案的，将面临以下处罚：

1. 责令限期改正
   农业农村主管部门首先会要求养殖场在规定期限内补建养殖档案，完善生产记录、投入品使用、疫病防治等法定内容。这是行政处罚前的整改程序，旨在督促合规。

2. 逾期不改正的罚款
   若逾期未完成整改，将面临二千元以上二万元以下罚款。罚款幅度根据违法情节（如养殖规模、持续时间、主观恶意等）由执法部门自由裁量，但最低不得低于二千元，最高不超过二万元。

3. 情节严重的加重处罚
   若未建档行为导致农产品质量安全事故（如疫病传播、药物残留超标等），或存在伪造档案、多次违法等情形，可能被认定为“情节严重”，此时除罚款外，还可能面临责令停产停业，直至吊销养殖许可证。

法律依据：

• 《农产品质量安全法》第四十七条：养殖场需建立养殖档案，载明品种、来源、饲料药物使用、检疫免疫等信息。
  
• 第六十九条：未建立档案的，由县级以上农业农村部门责令改正；逾期不改正的，处二千元以上二万元以下罚款。
  
• 第七十一条：若违法行为造成严重后果，可责令停产停业或吊销许可证。

实务建议：

• 立即补建档案，确保内容完整、真实，避免因“形式违法”升级为“实质违法”。
  
• 日常管理中定期自查档案，与检疫证明、投入品采购记录等材料相互印证。
  
• 若已收到整改通知，务必在期限内完成并提交主管部门复查，降低罚款风险。

如有进一步疑问（如档案具体内容要求、处罚程序细节等），可直接向我咨询。