结论：专利委托代理书中学校不盖公章而只盖科技合同章，其有效性需根据具体情况及学校内部规定、代理机构要求以及相关法律法规来综合判断，一般情况下，若科技合同章能代表学校签署此类文件且符合相关规定，则可能有效；但若规定或要求必须使用公章，则可能无效。
分析说明
学校内部规定：
- 不同学校对于印章的使用可能有不同的内部规定。有些学校可能明确规定，涉及专利等知识产权事务的委托代理书必须加盖学校公章。
- 若学校内部规定允许使用科技合同章来签署此类文件，并且该章在实际操作中已被广泛接受和使用，那么在这种情况下，只盖科技合同章可能是有效的。
代理机构要求：
- 专利代理机构可能对于委托代理书的签署有特定的要求。有些代理机构可能要求必须加盖学校公章，以确保文件的正式性和法律效力。
- 若代理机构明确要求必须使用公章，而学校只提供了盖有科技合同章的文件，那么这可能会导致文件被代理机构拒绝或视为无效。
相关法律法规：
- 从法律法规的角度来看，公章通常被视为单位正式签署文件的标志，具有最高的法律效力。
- 科技合同章虽然也可能具有一定的法律效力，但其使用范围和效力可能受到限制。在涉及专利等重要知识产权事务时，使用公章可能更为稳妥。
行动建议
- 查阅学校规定：首先，建议查阅学校的内部规定，了解对于专利委托代理书签署的具体要求。
- 与代理机构沟通：其次，与专利代理机构进行沟通，明确其对于委托代理书签署的具体要求。
- 考虑加盖公章：如果可能的话，为了确保文件的正式性和法律效力，建议考虑加盖学校公章。
- 咨询法律专业人士：如果对于文件的签署存在疑问或担忧，建议咨询法律专业人士，以获取更具体的法律建议。
特殊场景
- 如果学校已经明确授权科技合同章可以用于签署此类文件，并且代理机构也接受这种签署方式，那么在这种情况下，只盖科技合同章可能是完全有效的。
- 如果学校或代理机构对于印章的使用有特别严格的要求，或者涉及的法律事务特别重要或复杂，那么建议更加谨慎地处理印章的使用问题。
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