结论：专利代理委托书中，代理的公司一般不可以仅盖业务章，而应使用公司公章或合同专用章，以确保文件的法律效力和正式性。不过，具体是否可以使用业务章，还需结合公司内部规定、与专利代理机构的约定以及相关法律法规的要求来综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、从法律效力角度分析

1. 公章的法律效力：公司公章是公司对外正式行为的重要标识，具有最高的法律效力。在专利代理委托书中加盖公司公章，能够明确表明公司作为委托方的身份，并承担由此产生的法律责任。
2. 业务章的法律效力：业务章通常用于公司内部业务往来或特定业务场景，其法律效力相对较低。在专利代理委托书中仅使用业务章，可能无法充分体现公司的正式委托意愿，也可能在后续的法律纠纷中引发争议。

二、从公司内部规定角度分析

1. 公司章程或内部规定：不同公司对于印章的使用可能有不同的规定。有些公司可能明确规定专利代理委托书必须加盖公司公章或合同专用章，而禁止使用业务章。因此，在签署专利代理委托书前，应仔细查阅公司章程或内部规定，确保符合相关要求。
2. 实际操作中的灵活性：尽管公司章程或内部规定可能有所限制，但在实际操作中，如果与专利代理机构有明确的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么使用业务章也可能被接受。不过，这种情况需要谨慎处理，并确保所有相关方都明确知晓并同意。

三、从与专利代理机构的约定角度分析

1. 合同条款的约定：在签署专利代理委托书时，应与专利代理机构明确约定印章的使用要求。如果合同条款中明确规定了必须使用公司公章或合同专用章，那么应严格遵守该约定。
2. 双方协商的结果：如果合同条款中没有明确规定印章的使用要求，或者双方希望在实际操作中保持一定的灵活性，那么可以通过协商来确定使用何种印章。不过，在这种情况下，应确保双方对印章的使用有共同的理解，并避免因此产生不必要的纠纷。

四、从相关法律法规角度分析

1. 《中华人民共和国公司法》：虽然《公司法》并未直接规定专利代理委托书中必须使用何种印章，但强调了公司印章的重要性和法律效力。因此，在选择印章时，应确保符合《公司法》的相关精神。
2. 《中华人民共和国专利法》及相关实施细则：这些法律法规主要规定了专利申请、审查、授权等程序性的要求，对于专利代理委托书中印章的使用并未作出具体规定。不过，在签署专利代理委托书时，仍应确保符合相关法律法规的总体要求。

建议：为了确保专利代理委托书的法律效力和正式性，建议代理的公司使用公司公章或合同专用章进行签署。如果确实需要使用业务章，应与公司内部规定、与专利代理机构的约定以及相关法律法规的要求进行综合考量，并确保所有相关方都明确知晓并同意。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。