协议两份都在对方手里，并不影响协议本身的法律效力。协议的有效性是由其内容是否合法、意思表示是否真实以及当事人是否具有民事行为能力等因素决定的，而非由谁持有决定。以下是对这一问题的详细分析：

一、协议有效性的核心要素

1. 行为人具有相应的民事行为能力：签订协议的双方当事人都必须具备理解协议内容、预见行为后果，并独立进行民事活动的能力。例如，18周岁以上精神正常的成年人或16周岁以上以自己的劳动收入为主要生活来源的未成年人，他们签订的符合其认知和能力范围的协议是有效的。
2. 意思表示真实：双方在签订协议时必须是基于自己的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如果行为人与相对人以虚假的意思表示实施民事法律行为，则该行为无效。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议的内容必须符合法律规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。例如，买卖毒品的协议因违反法律的强制性规定而无效；以给付财物为条件维持婚外情关系的协议因违背公序良俗而无效。
4. 合同的成立：合同是双方意思表示一致的产物，只要双方当事人都同意合同的内容，并且都在合同上签字或者盖章了，合同即告成立。这是协议有效性的基础前提。

二、协议持有与证明力

• 协议在对方手里并不会影响它的有效性。然而，如果因协议丢失、损毁等原因导致一方无法出示协议原件，可能会影响协议的证明力。在这种情况下，需要通过其他证据来证明协议的存在和内容，如聊天记录、邮件往来、通话录音、合同签订过程中的往来邮件、会议纪要、支付凭证、履行合同的相关单据等。但这并不影响协议本身的有效性。

三、应对措施

1. 沟通协商：主动与对方沟通，说明协议在您履行义务中的重要性，并请求对方归还一份协议或提供复印件。在协商过程中，保持冷静和理性，避免情绪化冲突。
2. 保留证据：收集与协议相关的所有证据，如签订协议时的照片、视频、电子邮件、短信记录等。这些证据在后续可能的纠纷解决中至关重要。
3. 寻求法律援助：如果协商无果，且您认为自己的权益受到侵害，可以向我咨询具体的法律建议。我可以帮助您评估案件的可行性，并提供专业的法律指导。
4. 提起诉讼或仲裁：在必要时，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求对方履行协议义务或承担违约责任。在此过程中，您需要提供充分的证据证明自己的主张。

四、预防类似情况再次发生

1. 加强合同管理：在未来的协议签订过程中，务必确保自己持有一份协议原件或复印件。可以考虑使用电子合同等方式，方便存储和查阅。
2. 提高法律意识：加强对合同法律法规的学习，了解自己的权利和义务。在签订协议前，仔细审查协议条款，确保内容合法、明确、无歧义。

总结：协议两份都在对方手里，并不影响协议本身的法律效力。但为了保障自己的权益，建议您采取积极的应对措施，并加强未来的合同管理。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。