结论：仅做一天工作就被扣款4000元，是否合理需结合合同具体条款、扣款原因及法律规定综合判断，一般情况下，若扣款无合法依据或超出合理范围，则可能不合理。
一、合同条款的审查
首先，我们需要审查您所签订的“车辆运营合作合同”中关于扣款的具体条款。合同中通常会明确约定在何种情况下公司可以扣款，以及扣款的金额或比例。
扣款条件：检查合同中是否明确规定了扣款的条件，如是否因您的原因导致车辆损坏、违反交通规则、未完成工作任务等。
扣款金额：确认合同中是否规定了扣款的具体金额或计算方式。如果合同中规定了扣款的上限或比例，那么公司扣款时不得超出这一范围。
二、扣款原因的合理性
即使合同中有扣款条款，也需要评估扣款原因的合理性。
实际损失：如果扣款是因为您的行为给公司造成了实际损失，那么公司有权要求您赔偿。但赔偿金额应与实际损失相当，不得随意夸大。
无过错扣款：如果扣款并非因为您的过错，而是公司单方面的决定或由于其他非您所能控制的原因，那么这种扣款可能是不合理的。
三、法律规定的考量
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位在扣款时需遵守以下规定：
合法性：扣款必须基于合法的理由，如员工违反公司规章制度、给公司造成损失等。
合理性：扣款金额应当合理，不得超过员工当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地规定），且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
程序性：公司在扣款前通常应告知员工扣款的原因和金额，并给予员工申辩的机会。
四、具体建议
审查合同：首先，仔细审查您所签订的合同，了解其中关于扣款的条款。
与公司沟通：如果认为扣款不合理，可以与公司进行沟通，要求公司解释扣款的原因和依据。
寻求法律援助：如果沟通无果，您可以考虑寻求法律援助，如咨询律师或向劳动监察部门投诉。
五、可能的法律后果
如果公司扣款行为违反了合同约定或法律规定，您可能有权要求公司返还多扣的款项，并可能获得相应的赔偿。同时，公司也可能面临劳动监察部门的处罚。
举例说明：假设合同中规定，因员工原因导致车辆损坏的，公司有权按实际损失的50%进行扣款。如果您仅做了一天工作，且未造成车辆损坏或其他实际损失，那么公司扣款4000元显然缺乏合法依据，可能是不合理的。
总结：仅做一天工作就被扣款4000元是否合理，需结合合同条款、扣款原因及法律规定进行综合判断。如果您认为扣款不合理，建议与公司沟通并寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。