酌定不起诉通知书会存入司法档案。以下是对此问题的详细分析：
一、酌定不起诉的法律性质
酌定不起诉，又称相对不起诉或微罪不起诉，是检察机关在审查起诉阶段，根据案件的具体情况，认为犯罪嫌疑人的行为虽然构成犯罪，但情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，可以作出的不起诉决定。这一决定体现了检察机关的自由裁量权，是刑事诉讼中的一项重要制度。
二、司法档案的内容与目的
司法档案是记录案件处理过程、结果及相关法律文书的正式文件，其目的在于确保案件处理的透明性、可追溯性以及为后续的法律程序提供依据。司法档案中通常会包含案件的起诉书、证据材料、庭审记录、判决书或不起诉决定书等关键法律文书。
三、酌定不起诉通知书在司法档案中的地位
法律文书的正式性：酌定不起诉通知书作为检察机关作出的正式法律文书，具有法律效力，是案件处理结果的重要组成部分。因此，它应当被存入司法档案，以记录案件的处理过程和结果。
案件处理的完整性：将酌定不起诉通知书存入司法档案，有助于保持案件处理的完整性。它使得后续查阅档案的人员能够全面了解案件的处理情况，包括检察机关为何作出不起诉决定，以及该决定所依据的事实和法律。
法律监督与救济：存入司法档案的酌定不起诉通知书也便于接受法律监督。如果被害人或其他相关方对检察机关的不起诉决定有异议，他们可以通过查阅司法档案来了解案件的具体情况，并依法寻求救济途径。
四、实际操作中的注意事项
在实际操作中，检察机关在作出酌定不起诉决定后，会按照规定的程序将不起诉决定书（包括酌定不起诉通知书）及相关材料整理归档，存入司法档案。这一过程是规范的、正式的，确保了司法档案的完整性和准确性。
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