结论前置：

1. 逾期13天仍属于逾期状态，即使与银行协商，逾期事实不会因协商行为而消除。
2. 协商可能影响后续处理方式，但不影响逾期状态的认定。

详细分析：

1. 逾期状态的认定
   根据《民法典》第六百七十六条，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。逾期状态的认定以还款期限届满为节点，与是否协商无关。因此，即使您在逾期后第13天与农村信用社协商，逾期事实已成立，信用社仍有权要求您支付逾期利息，并可能将逾期记录上报征信系统。

2. 协商的法律效果
   协商的本质是双方就还款计划、利息减免等事项达成新的合意。根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可以变更合同。若您与信用社协商成功（如延长还款期限、分期还款等），需签订书面协议，明确变更后的权利义务。但协商成功仅意味着双方对逾期后的处理方式达成一致，不改变逾期已发生的事实。

3. 实务建议

   • 主动沟通：逾期后应立即联系信用社，说明逾期原因（如临时资金困难），表达还款意愿，避免被认定为“恶意逾期”。
     
   • 保留证据：协商过程中，要求信用社出具书面协议或确认函，明确协商内容（如减免部分利息、暂停催收等），防止口头约定无法兑现。
     
   • 关注征信：即使协商成功，若逾期记录已上报征信，需确认信用社是否会协助修复征信（如标注“已协商还款”），否则可能影响后续贷款申请。
     

总结：逾期13天仍属逾期，但及时协商可降低法律风险（如减少违约金、避免起诉）。建议优先通过书面形式固定协商成果，并尽快履行还款义务。如有进一步疑问，可直接向我咨询。