在同一法院查封中，第一查封人和第二查封人若有合作协议，应首先依据合作协议的内容进行分配。以下是对此问题的详细分析：

一. 查封财产的分配原则

1. 依据合作协议：在查封财产的分配中，如果第一查封人和第二查封人之间存在有效的合作协议，那么应当首先遵循该协议的内容进行分配。合作协议是双方自愿达成的，对双方均具有法律约束力。
2. 法院裁定：若合作协议未对分配方式作出明确约定，或者双方对协议内容存在争议，那么可以请求法院根据查封的先后顺序、债权数额、查封财产的价值等因素，依法作出裁定，确定双方的分配比例。

二. 合作协议的重要性

• 明确权利义务：合作协议能够明确双方在查封财产分配中的权利和义务，避免后续产生不必要的纠纷。
• 保障双方权益：通过合作协议，双方可以就分配方式、分配比例等关键问题进行协商，并达成一致，从而保障各自的合法权益。

三. 实际操作建议

1. 审查合作协议：在分配查封财产前，双方应仔细审查合作协议的内容，确保协议的有效性和合法性。
2. 协商解决争议：若对合作协议的内容存在争议，双方应首先通过协商的方式解决，以节省时间和成本。
3. 请求法院裁定：若协商无果，应及时请求法院作出裁定，以确保查封财产的分配能够依法进行。

我建议：在实际操作中，双方应充分重视合作协议的作用，并严格按照协议的内容进行分配。如遇争议，应首先尝试通过协商的方式解决，必要时可请求法院依法裁定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。