在民事合同纠纷再审案件中，被告通常可以选择不出庭，但需承担由此可能带来的不利后果。以下是对此问题的详细分析：
一、被告不出庭的法律依据与后果
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，被告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，法院可以缺席判决。这一规定同样适用于再审程序，尽管再审程序有其特殊性，但在当事人出庭方面，仍遵循一审、二审程序中的基本原则。
后果分析：
- 缺席判决：若被告不出庭，法院将依据原告提供的证据及陈述进行审理，并可能作出对被告不利的判决。这意味着被告放弃了当庭答辩、质证等权利，可能导致对其不利的判决结果。
- 承担败诉风险：由于被告未出庭抗辩，法院经审查若认为原告主张合理，可能判决被告承担相应法律责任，如支付款项、履行义务等。
- 丧失部分程序权利：被告无法参与法庭调查、辩论环节，难以充分表达自身观点和提供对己有利的证据，其诉讼权益可能无法得到全面维护。
二、被告不出庭的特殊情形与处理
申请再审人不出庭：
- 若被告作为申请再审人启动再审程序，并在再审审理程序中处于提起诉讼的请求人的地位，其不出庭可能按撤回再审申请处理。这符合民事诉讼理论中的当事人诉讼权利自治原则。
原审被告（原审胜诉方）不出庭：
- 在再审程序中，若原审被告（原审胜诉方）作为再审案件的被告不出庭，而原审原告（原审败诉方，一般为申请再审人）出庭，法院可按缺席判决处理，作出维持或撤销原判的裁判。
人民检察院抗诉再审的案件：
- 若案件为人民检察院抗诉再审，且被告为向检察院申诉的一方当事人，其不出庭可适用相关解释规定，按裁定终结再审程序处理。若被告为向检察院申诉一方的对方当事人，则可按前述原则处理，即按撤诉或缺席判决处理。
三、被告不出庭的应对建议
权衡利弊：
- 被告在决定是否出庭时，应权衡利弊，考虑出庭可能带来的积极影响（如充分表达观点、提供有利证据）与不出庭可能带来的不利后果（如缺席判决、承担败诉风险）。
委托代理人出庭：
- 若被告因特殊原因无法出庭，可考虑委托代理人代为诉讼。代理人应具备相应的法律知识和诉讼经验，能够充分维护被告的合法权益。
提前与法院沟通：
- 若被告有正当理由无法出庭，应提前向法院申请延期审理或说明情况。法院在了解具体情况后，可能会根据实际情况作出相应安排。
总结来看，在民事合同纠纷再审案件中，被告虽然可以选择不出庭，但需承担由此可能带来的不利后果。因此，建议被告在权衡利弊后作出明智选择，并在必要时寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。