协议上超过2000元部分医疗费的计算方式，主要取决于协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度进行的详细分析：

一、协议约定优先

1. 明确约定：

   • 如果协议中明确规定了超过2000元部分的医疗费如何计算（例如，按比例分担、固定金额承担等），则应按照协议中的约定执行。
   • 计算公式示例：假设协议规定超过2000元的部分，由患者承担30%，医院承担70%。若实际医疗费为5000元，则超过部分为3000元，患者应承担3000元×30%=900元，医院应承担3000元×70%=2100元。

2. 未明确约定：

   • 如果协议中未明确规定超过2000元部分的医疗费如何计算，则需要根据相关法律法规和公平原则进行协商或诉讼解决。

二、相关法律法规

1. 《民法典》合同编：

   • 根据《民法典》合同编的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果协议中未明确约定超过2000元部分的医疗费计算方式，双方可以协商补充约定；协商不成的，可以根据交易习惯或者相关法律法规确定。

2. 医疗纠纷处理规定：

   • 在医疗纠纷中，如果涉及医疗费用的分担，通常需要根据医疗事故鉴定结果、双方过错程度等因素进行综合判断。如果协议中的医疗费条款与医疗纠纷处理规定相冲突，可能需要以医疗纠纷处理规定为准。

三、实际操作建议

1. 审查协议条款：

   • 首先，应仔细审查协议中的医疗费条款，明确是否存在关于超过2000元部分医疗费的约定。

2. 协商与诉讼：

   • 如果协议中未明确约定，双方可以尝试通过协商解决。协商不成的，可以考虑通过诉讼途径解决，由法院根据相关法律法规和公平原则进行裁决。

3. 寻求专业法律意见：

   • 在处理此类问题时，建议寻求专业律师的法律意见，以确保自身权益得到妥善保护。

四、可能的风险与后果

1. 协议履行风险：

   • 如果协议中的医疗费条款存在歧义或不明确，可能导致双方在履行过程中产生争议，甚至引发诉讼。

2. 法律后果：

   • 如果未经协商或诉讼即擅自确定超过2000元部分医疗费的计算方式，可能面临法律风险，如被认定为违约或侵犯对方权益等。

针对您的情况，我建议您首先审查协议中的医疗费条款，明确是否存在关于超过2000元部分医疗费的约定。如果存在约定，则按照约定执行；如果不存在约定，则建议与对方协商解决或寻求专业法律意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。