结论前置：书记员配偶代理本院案件，属于违反法律规定的情形，应当避免并予以纠正。

核心前提与场景分析： 用户所提问题涉及法院工作人员（书记员）的近亲属（配偶）在本院代理案件的情形。根据我国《法官法》《律师法》及相关司法解释，法院工作人员及其近亲属在本院代理案件存在严格的利益冲突和回避要求。

具体分析：

1. 利益冲突与回避要求
   根据《法官法》第三十六条及《最高人民法院关于审判人员在诉讼活动中执行回避制度若干问题的规定》，法院工作人员（包括书记员）的配偶、子女等近亲属不得在其任职法院担任诉讼代理人或辩护人。若配偶代理本院案件，可能因利益关联影响司法公正，构成法定回避情形。

2. 法律后果

   • 案件处理：若已发生代理行为，法院应依职权主动审查，发现后需立即终止代理，并可能对案件结果进行复核。
     
   • 纪律处分：书记员可能因违反工作纪律受到警告、记过等处分；配偶作为律师的，可能面临律师协会的惩戒（如警告、暂停执业）。
     
   • 程序瑕疵：若案件已因代理行为产生裁判结果，当事人可申请再审或提出上诉，主张程序违法。

3. 实务建议

   • 预防措施：书记员应提前向配偶说明回避要求，配偶作为律师需主动拒绝本院案件代理。
     
   • 补救措施：若已代理，应立即向法院书面说明情况，申请退出代理或由法院指定其他律师接替。
     
   • 替代方案：配偶可代理其他法院管辖的案件，或由书记员所在法院的其他律师代理。

总结：书记员配偶代理本院案件违反法定回避制度，可能引发程序违法风险。建议严格遵守回避规定，避免利益冲突，必要时通过书面申请或更换代理律师解决。如有具体案件需进一步分析，可直接向我咨询。