公司借用员工名义做小规模纳税人进行出口活动是不合法的，这种行为可能涉及多重法律风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律合规性角度
税务登记与纳税主体：
- 根据我国税收法律法规，纳税人应当以其真实身份进行税务登记，并按照规定缴纳税款。公司借用员工名义进行税务登记，实际上是在虚构纳税主体，这违反了税务登记的真实性原则。
- 出口退税等税收优惠政策是针对真实出口企业的，借用员工名义进行出口，可能构成骗取出口退税的违法行为，一旦查实，将面临严重的法律后果。
合同与交易真实性：
- 出口活动涉及多方交易，包括与供应商、客户、物流等各方的合同签订与履行。借用员工名义进行出口，可能导致合同主体与实际履行主体不一致，引发合同纠纷。
- 在国际贸易中，诚信与透明度至关重要。虚构纳税主体进行出口，可能损害公司的商业信誉，影响长期合作与发展。
二、法律责任角度
行政责任：
- 税务机关有权对虚构纳税主体、骗取税收优惠等违法行为进行查处，并可能处以罚款、没收违法所得等行政处罚。
- 工商行政管理部门也可能对公司借用员工名义进行经营活动进行查处，要求公司整改并可能处以罚款。
刑事责任：
- 如果借用员工名义进行出口的行为构成骗取出口退税罪等刑事犯罪，公司及其相关责任人员可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
- 此外，如果这种行为涉及其他违法犯罪活动，如洗钱、走私等，公司及其相关责任人员也将承担相应的刑事责任。
三、实际操作与风险防控角度
合规经营建议：
- 公司应当以其真实身份进行税务登记和出口活动，确保所有交易和合同的主体一致性。
- 公司应建立健全内部合规制度，加强对出口活动的监管和审核，防止虚构纳税主体等违法行为的发生。
风险防控措施：
- 公司应定期进行自查自纠，及时发现并纠正可能存在的合规问题。
- 在与供应商、客户等合作方进行交易时，应明确合同主体和交易条款，避免产生纠纷。
建议您：公司应严格遵守税收法律法规和国际贸易规则，以真实身份进行税务登记和出口活动。如果存在任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。