合同复印件上的章不清楚，并不必然导致合同无效，但可能影响合同的证明力和执行力，需根据具体情况采取相应措施。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、合同章不清楚的法律效力
- 不必然无效：合同印章模糊不清，并不直接等同于合同无效。合同的法律效力主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实以及是否违反法律强制性规定等因素。若双方就合同执行事务达成一致，合同大多仍具法律约束力。
- 可能引发争议：然而，模糊的印章可能引发对合同真实性和合法性的质疑，特别是在双方产生分歧时。此时，需要借助其他证据来证明合同的真实性和有效性。
二、应对措施
与对方协商：
- 及时沟通：发现合同章不清楚后，应第一时间与合同相对方进行沟通，说明情况，并询问对方是否接受当前印章状态。
- 重新盖章：若对方同意，且在不影响合同主要内容及签章真实性的条件下，可考虑重新加盖清晰印章。重新盖章时，应在双方监督下进行，确保过程透明、公正，且新印章需符合合同约定及法律规定。
- 签订补充协议：若重新盖章不可行，双方可考虑签订补充协议，进一步确认合同内容，以增强合同的证明力和执行力。
收集其他证据：
- 通讯记录：保留与合同签订和履行相关的通讯记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，以证明双方就合同事宜进行过沟通。
- 支付凭据：提供与合同相关的支付凭据，如银行转账记录、发票等，以证明合同已实际履行。
- 其他证据：根据合同具体情况，收集其他可能证明合同真实性和有效性的证据，如合同履行过程中的照片、视频、第三方见证等。
妥善保管原印章：
- 不随意丢弃：即使需要重新盖章，原印章也不能随意丢弃。应妥善保管原印章，以便在纠纷发生时证明印章的真实情况，避免无法举证。
三、特殊情况处理
- 同一枚公章被加盖两次：若合同上出现同一枚公章被加盖两次的情形，但两次盖章部位未相互重叠，且不影响印章内容的准确识别，则通常不会对合同法律效力产生重大实质性影响。此时，无需采取特殊补救措施，但可在合同文本中简略注明该情况。
- 重要合同留存证据：对于重要合同，建议留存重新盖章的过程记录，如拍照、录像等。这是为了在有需要的时候可以提供证据，确保合同顺利履行，避免后续可能出现的麻烦。
最后需要提醒的是，合同章不清楚时，务必谨慎处理，及时与对方沟通并采取相应措施，以保障合同效力及双方权益。若因合同章不清楚产生纠纷，在举证责任分配上也较为关键，哪一方承担证明合同章真实性的责任，对案件结果影响重大。因此，建议双方在处理此类问题时，保持冷静、理性，并尽可能收集、保留相关证据。若您在此过程中遇到任何法律问题，可直接向我咨询。