当您发现合同上的章子没有盖清晰时，确实需要采取一些措施来确保合同的合法性和有效性。以下是一些详细的建议，希望能帮助您妥善处理这个问题：

一、与对方协商补盖

1. 及时沟通：一旦发现合同章子不清晰，应立即与合同另一方取得联系，说明情况并提出补盖请求。这是最直接且有效的方式，可以迅速解决问题。

2. 补盖要求：在补盖时，需确保印章清晰、完整，位置应与原盖章尽量一致或在旁边空白处补盖。同时，双方应签字确认，表明对补盖行为及合同内容的认可。

3. 示例说明：比如，在一份商业合作合同中，如果甲方发现乙方盖的公章不清晰，那么甲方应及时与乙方沟通，并在合适的位置补盖一个清晰的印章，双方代表签字确认，以确保合同的法律效力。

二、重新签订合同

1. 适用情形：如果合同尚未开始履行，且章子不清晰可能影响合同效力的认定、后续履行以及权利义务的明确，那么双方应考虑重新签订合同。

2. 操作流程：首先，需要作废原合同。然后，按照正规流程重新拟定合同（或直接使用原文本），再次进行签字、盖章等手续，确保新合同的印章清晰无误。

3. 示例说明：以房屋租赁合同为例，如果印章模糊且合同尚未生效执行，那么双方可以协商重新打印一份合同，并重新盖章签字，以确保合同的合法性和有效性。

三、通过其他证据佐证

1. 证据类型：如果无法补盖或重新签订合同，那么可以收集其他相关证据来证明合同的真实性和有效性。这些证据可以包括往来邮件、聊天记录、会议纪要、交易凭证等。

2. 证据作用：这些证据能够形成完整的证据链，证明合同内容系双方真实意思表示。即使印章不清晰，也不影响合同的履行和权利义务的确定。

3. 示例说明：在一份货物买卖合同中，虽然印章不清晰，但是详细的电子邮件沟通记录、货物交付的物流单据以及付款凭证等共同证明了合同的有效性。

四、法律建议

1. 审查合同条款：在处理合同章子不清晰的问题时，应仔细审查合同条款和相关法律规定，确保自己的决策符合法律要求。

2. 咨询专业律师：如果遇到复杂情况或不确定如何处理，建议咨询专业律师的意见。律师能够根据您的具体情况提供专业的法律建议，帮助您更好地维护自己的合法权益。

综上所述，当合同上的章子没有盖清晰时，您不必过于慌张。根据具体情况采取适当的措施，如与对方协商补盖、重新签订合同或通过其他证据佐证合同的真实性和有效性，可以确保合同的合法性和双方的权益得到保障。