仅有百草枯母药登记证，出口百草枯水剂并不合法。以下从法律角度进行详细分析：
一、百草枯水剂的生产、销售与使用限制
根据我国相关法律法规及政策，百草枯水剂的生产、销售和使用受到严格限制。具体来说：
生产限制：自2014年7月1日起，我国撤销了百草枯水剂的登记和生产许可，停止了百草枯水剂的生产。这意味着，在国内，任何企业或个人都不得再生产百草枯水剂。
销售与使用限制：自2016年7月1日起，百草枯水剂在国内的销售和使用也被禁止。这一规定旨在保护公众健康，防止因误服或滥用百草枯水剂而导致的人员伤亡。
二、出口百草枯水剂的合法性分析
尽管我国保留了百草枯母药生产企业的水剂出口境外使用登记，并允许专供出口生产，但这并不意味着可以随意出口百草枯水剂。具体来说：
出口许可：出口百草枯水剂需要获得相关的出口许可和登记。仅有百草枯母药登记证，并不足以证明出口百草枯水剂的合法性。出口企业还需要按照相关规定，申请并获得出口百草枯水剂的专项许可。
合规性要求：出口百草枯水剂必须符合进口国的法律法规和标准要求。如果进口国对百草枯水剂有严格的限制或禁止规定，那么出口行为就可能构成违法。
三、违法出口百草枯水剂的法律后果
如果未经许可或违反相关规定出口百草枯水剂，可能会面临严重的法律后果。具体来说：
行政处罚：根据相关法律法规，违法出口百草枯水剂的企业或个人可能会受到行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
刑事责任：如果违法出口行为情节严重，构成犯罪的，还可能被追究刑事责任。例如，根据“两高办理危害食品安全刑事案件司法解释”的相关规定，违反国家规定生产、销售国家禁止生产、销售、使用的农药等，情节严重的，可能以非法经营罪定罪处罚。
四、建议与措施
针对您提出的问题，我建议：
了解并遵守相关法律法规：在出口百草枯水剂之前，务必了解并遵守我国及进口国的相关法律法规和标准要求。
申请并获得相关许可：如果确实需要出口百草枯水剂，应按照相关规定申请并获得出口许可和登记。
寻求专业法律意见：在涉及复杂法律问题时，建议寻求专业律师的法律意见，以确保出口行为的合法性和合规性。
如果您在百草枯水剂出口或其他侵权损害领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。