当检察院指控的证据互相矛盾时，核心处理原则是：通过证据审查、证明力判断、调查核实及综合认定，确保案件处理的公正性与合法性。具体处理方式如下：

一、证据审查：明确矛盾点

1. 真实性审查：核查证据来源是否合法，是否存在伪造、篡改等情况。例如，若某份证人证言与现场勘查记录存在矛盾，需审查证人证言的获取过程是否合法，证人是否具备作证能力等。
2. 合法性审查：确认证据收集程序是否符合法律规定。如通过非法手段获取的证据，即使内容真实，也可能被排除。
3. 关联性审查：分析证据与案件事实之间的逻辑联系。若某份证据与案件核心事实无直接关联，其矛盾性可能不影响案件认定。

二、证明力判断：依据证据规则

1. 优势证据原则：当一方证据的证明力明显大于另一方时，采信优势证据。例如，在盗窃案件中，若监控录像显示被告人进入案发现场，而被告人辩解称“只是路过”，此时监控录像的证明力通常大于被告人的单方辩解。
2. 排除合理怀疑原则：若证据矛盾无法排除合理怀疑，可能对相关主张不予支持。在刑事案件中，若证据链存在断裂，无法形成完整证明体系，应依据“疑罪从无”原则处理。

三、调查核实：补充证据消除矛盾

1. 再次取证：对矛盾证据涉及的关键环节进行补充调查。例如，在交通事故案件中，若目击证人证言与现场痕迹存在矛盾，可重新勘查现场，调取周边监控录像等。
2. 传唤证人：对关键证人进行再次询问，核实其证言的真实性。若证人证言前后矛盾，需分析其变化原因，如是否受到外界干扰等。
3. 鉴定与评估：对专门性问题进行鉴定，如文件真伪鉴定、伤情鉴定等。在合同纠纷中，若合同签名存在争议，可通过笔迹鉴定确认签名真实性。

四、综合认定：结合全案证据

1. 逻辑关系分析：从多个证据之间的逻辑关系来认定事实，而不孤立看待单个矛盾证据。例如，在侵权纠纷中，若原告提供的医疗记录与证人证言存在矛盾，但结合被告的过错行为及损害后果，可综合认定侵权事实成立。
2. 举证责任分配：在民事案件中，遵循“谁主张，谁举证”原则。若证据矛盾无法证明待证事实，法院会根据举证责任分配判定。例如，在借款纠纷中，若原告无法提供有效证据证明借款事实，而被告提出合理抗辩，法院可能不支持原告的主张。
3. 刑事案件特殊原则：在刑事案件中，若证据矛盾不能排除合理怀疑，无法形成完整证据链证明被告人有罪，应作无罪处理。例如，在指控某人故意伤害的案件中，若被害人陈述与现场目击证人证言存在矛盾，且关键物证（如凶器）无法确定来源，法院可能判决被告人无罪。

五、法律后果与应对建议

1. 民事案件后果：若证据矛盾导致事实不清，法院可能根据举证责任分配判定。主张事实一方若无法提供优势证据，可能承担败诉风险。
2. 刑事案件后果：若证据矛盾无法排除合理怀疑，被告人可能被宣告无罪。即使被告人被指控多项罪名，若其中某项罪名的证据存在矛盾，法院也可能对该罪名不予认定。
3. 应对建议：
   • 积极补充证据：当事人应主动收集、提供有利于己方的证据，如书证、物证、视听资料等。
   • 申请调查取证：若当事人无法自行获取关键证据，可向法院申请调查取证，或申请鉴定、评估等。
   • 利用专家意见：在涉及专业问题的案件中，可聘请专家出具意见，辅助法院认定事实。

当面对检察院指控的证据互相矛盾时，当事人应保持冷静，通过合法途径维护自身权益。若您在此过程中遇到法律问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业建议。