违法自建房当事人不配合调查，确实会面临一定的法律后果。以下从不同角度为您详细分析：
行政处罚角度：
- 根据《城乡规划法》等相关法律法规，对于违法自建房的行为，城乡规划主管部门有权责令停止建设、限期改正，并可以处以罚款。如果当事人不配合调查，这可能会被视为对行政命令的抗拒，从而加重处罚力度。例如，原本可能只是罚款并责令拆除，但因不配合调查，可能会面临更高额的罚款或更严格的拆除要求。
- 此外，不配合调查还可能影响行政机关对违法事实的认定和处理效率，导致处理周期延长，给当事人带来更多的不确定性和风险。
法律责任认定角度：
- 在违法自建房案件中，当事人的配合程度是影响法律责任认定的重要因素之一。如果当事人不配合调查，拒绝提供相关证据或信息，这可能会使得行政机关或司法机关难以准确认定违法事实和责任大小。
- 在这种情况下，为了维护公共利益和社会秩序，行政机关或司法机关可能会根据现有证据和法律规定，对当事人作出更为不利的责任认定。例如，原本可能只是部分责任，但因不配合调查，可能会被认定为全部责任。
强制执行角度：
- 如果当事人不配合调查且拒不履行行政机关作出的处罚决定，行政机关有权依法申请人民法院强制执行。这意味着，当事人不仅可能面临罚款、拆除等处罚，还可能因强制执行而承担额外的执行费用和法律责任。
- 强制执行过程中，如果当事人仍然不配合，甚至采取暴力、威胁等手段阻碍执行，还可能构成妨碍公务等违法行为，面临更为严重的刑事处罚。
建议：
- 对于违法自建房当事人而言，配合调查是明智之举。通过积极配合调查，当事人可以更好地了解自己的违法事实和责任大小，从而有针对性地采取补救措施或进行法律辩护。
- 如果当事人对调查有异议或认为调查程序存在不当之处，可以通过合法途径提出申诉或复议，而不是简单地拒绝配合调查。
总结：违法自建房当事人不配合调查会面临行政处罚加重、法律责任认定不利以及强制执行风险增加等法律后果。因此，建议当事人积极配合调查，以维护自己的合法权益并避免不必要的法律风险。如果您有任何关于房产问题的法律疑问，可以直接向我咨询。