针对您提出的“一个合同中有工程也有设备，质保金比例怎么确定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、质保金比例的基本原则
在包含工程和设备的合同中，质保金比例的确定需遵循相关法律法规及行业惯例。一般来说，工程质量保修金（即质保金）的比例虽无统一规定，但通常不得高于工程价款结算总额的3%。这一比例是行业内的常见标准，旨在保障工程在缺陷责任期内的维修责任得到落实，同时避免过高的保证金占用承包人资金。
二、工程与设备质保金的分别考虑
工程部分：
- 对于工程部分，质保金比例应参照《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定，通常不超过工程价款结算总额的3%。
- 具体比例可根据工程的性质、规模、复杂程度及风险状况等因素，由发包人与承包人协商确定。
设备部分：
- 设备质保金的比例可能因设备类型、价值、技术复杂度及供应商信誉等因素而有所不同。
- 通常，设备供应商会在合同中明确质保金的比例和返还条件，这一比例可能高于或低于工程质保金比例，但应合理且符合行业惯例。
三、合同中的明确约定
为确保双方权益，合同中应明确以下关键内容：
- 质保金总额及分配：明确合同总质保金金额，以及工程部分和设备部分各自所占的比例。
- 支付方式与时间节点：规定质保金的支付方式（如一次性支付、分期支付等）和支付时间节点。
- 返还条件及流程：详细说明质保金的返还条件（如保修期满、无质量问题等）和返还流程。
- 双方责任与义务：明确发包人和承包人在质保期内的责任与义务，包括维修责任、违约责任等。
四、实务操作建议
- 充分协商：发包人和承包人应在签订合同前充分协商，根据工程和设备的实际情况确定合理的质保金比例。
- 参考行业惯例：在协商过程中，可参考同行业类似项目的质保金比例，以确保比例的合理性和公平性。
- 明确合同条款：在合同中明确质保金的相关条款，避免后续因条款不明确而产生的纠纷。
五、法律依据
- 《建设工程质量保证金管理办法》：明确规定了工程质量保修金的预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。
- 《中华人民共和国民法典》：为建设工程合同的履行提供了基本的法律框架，强调合同双方应全面履行约定的义务。
综上所述，对于包含工程和设备的合同，质保金比例的确定需综合考虑工程性质、设备类型、行业惯例及法律法规等因素。发包人和承包人应在充分协商的基础上，制定合理且可行的质保金方案，并在合同中明确相关细节以保障双方权益。