若转让协议被确认无效，撤销土地使用权证的核心步骤及法律依据如下：

1. 确认无效的法律依据与程序
   根据《民法典》第154、155条，若转让协议存在“恶意串通损害他人权益”“违反法律强制性规定”等情形，法院或仲裁机构可宣告协议无效。关键点：需通过诉讼/仲裁确认无效，并取得生效法律文书（判决书/裁决书），这是后续撤销土地证的法定前提。

2. 向登记机构申请撤销土地证的流程
   依据《不动产登记暂行条例》第14、29条，持生效法律文书向不动产登记中心申请“更正登记”或“注销登记”。需提交材料包括：

   • 确认协议无效的生效法律文书原件及复印件；
     
   • 原土地使用权证；
     
   • 申请书（说明撤销原因及依据）；
     
   • 身份证明（个人身份证/企业营业执照）。
     注意：登记机构收到申请后，会在30个工作日内核查，若材料齐全且法律文书有效，将公告注销原土地证。
     

3. 若登记机构拒绝撤销的救济途径
   若登记机构以“材料不全”“程序瑕疵”等理由拒绝，可依据《行政诉讼法》第12条提起行政诉讼，要求法院判决登记机构履行撤销职责。诉讼要点：需证明登记机构的行为违法（如未依法审查法律文书效力），且自身权益因登记行为受损。

风险提示：撤销土地证后，土地使用权可能回归原权利人或进入国家收回程序，具体需结合土地来源（出让/划拨）及地方政策。若涉及第三方善意取得，可能面临补偿或纠纷，建议同步评估风险。

若有进一步细节（如协议无效的具体原因、土地来源类型等），可直接向我说明，我会结合案例细化分析。