在办理房屋所有权证后，如果土地使用协议被确认无效，那么房屋所有权证的效力可能会受到影响，具体需根据协议无效的原因及房屋和土地的具体状况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一. 土地使用协议无效的情形
根据《民法典》的相关规定，土地使用协议可能因以下情形而被确认为无效：
合同内容违背法律强制性规定：例如，协议中的条款违反了土地管理法律、法规的强制性规定。
合同双方意思表示不真实：如存在欺诈、胁迫等导致合同意思表示不真实的情况。
相对人恶意串通，损害他人合法权益：例如，协议双方恶意串通，损害国家、集体或第三人的利益。
以合法形式掩盖非法目的：协议表面合法，但实际掩盖了非法的目的或行为。
二. 土地使用协议无效对房屋所有权证的影响
如果土地使用协议是房屋所有权证的前提或基础：那么协议无效可能导致房屋所有权证也失去合法基础，进而可能影响其效力。例如，如果房屋是建立在无效土地使用协议所指向的土地上，那么房屋所有权证的合法性就可能受到质疑。
如果房屋所有权证的取得与土地使用协议无关：或者房屋所有权证的取得有其他的合法依据，那么土地使用协议的无效可能不会对房屋所有权证产生直接影响。但这种情况下，也需要考虑土地和房屋之间的实际关系，以及相关法律法规的具体规定。
三. 建议与后续处理
确认土地使用协议无效的具体原因：这是判断房屋所有权证效力受影响程度的关键。
咨询相关部门或专业机构：如房地产登记部门、土地管理部门或律师事务所，以获取更具体的法律意见和解决方案。
根据具体情况采取相应措施：例如，如果房屋所有权证确实受到影响，可能需要重新办理或更正；如果土地使用协议无效导致房屋无法继续使用，可能需要与协议相对方协商解决方案或寻求法律救济。
综上所述，办理房屋所有权证后确认土地使用协议无效是一个复杂的问题，需要综合考虑多种因素来判断房屋所有权证的效力及后续处理方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。