结论前置：员工在依法休年假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖，用人单位不应因员工休年假而扣除全勤奖。若用人单位因此扣除全勤奖，则可能构成违法。

法律依据与解析

1. 带薪年休假权利：

   • 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，员工在休年假期间，其工资待遇不应受到影响，包括全勤奖等福利待遇。

2. 全勤奖的性质与目的：

   • 全勤奖是企业为激励员工出满勤、保证工作正常开展而设立的奖励机制。其目的在于鼓励员工在正常工作日内不无故缺勤、迟到、早退。然而，员工休年假是行使法定权利，并非无故缺勤，因此不应被视为违反全勤条件。

3. 用人单位规章制度的合法性：

   • 若用人单位规章制度明确规定年休假不属于全勤范畴，并经过民主程序制定，内容不违反法律法规，且已向劳动者公示或告知，该规章制度对劳动者具有约束力。但此类规定可能存在争议，因为年假是法律赋予劳动者的休息休假权，用人单位不得以规章制度的形式剥夺或限制。在实际操作中，此类规定有可能被认定为限制劳动者合法权益而无效。

特殊情况与处理建议

• 特殊情况：尽管一般情况下用人单位不应因员工休年假而扣除全勤奖，但若用人单位能证明员工休年假期间确实未提供劳动服务（如某些特殊岗位需连续工作），且该证明符合法律法规及规章制度，那么用人单位可能不支付全勤奖。然而，这种情况极为罕见，且需严格符合法律法规及规章制度的要求。
• 处理建议：
  • 协商：如用人单位因员工休年假而扣全勤奖，员工首先应与用人单位协商，要求其按法律规定和合理制度执行，补发全勤奖。
  • 投诉举报：协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉举报，要求用人单位纠正违法行为。
  • 劳动仲裁：若投诉举报无果，员工可申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结与建议

员工在休年假期间应享受与正常工作期间相同的待遇和福利，包括全勤奖等奖励制度。用人单位应遵守劳动法规定，保障员工的合法权益不受侵害。如遇到因休年假而被扣除全勤奖的情况，员工应依法维权，通过沟通协商、投诉举报或劳动仲裁等途径保护自己的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。