机关部门内设机构印章的效力，主要取决于其使用是否符合相关规定以及印章本身的合法性。以下是对此问题的详细分析：

一、内设机构印章的合法性

根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》（国发〔1999〕25号），国家行政机关内设机构或直属单位的印章，直径不得大于4.5厘米，中央刊五角星，五角星外刊单位名称，自左而右环行或者名称前段自左而右环行、后段自左而右横排。这一规定明确了内设机构印章的规格和样式，是判断内设机构印章合法性的重要依据。

二、内设机构印章的效力范围

1. 内部管理效力：内设机构印章在其所属机关内部管理中具有效力，如用于内部文件、通知、证明等的签发。这种效力是基于机关内部管理需要而产生的，具有相对性和局限性。

2. 对外效力限制：内设机构印章一般不对外产生法律效力，除非得到上级机关或法律的特别授权。这是因为内设机构并非独立的法律主体，其对外行为通常需要以所属机关的名义进行。

三、影响内设机构印章效力的因素

1. 授权情况：如果内设机构得到了上级机关或法律的特别授权，其印章可以在特定范围内对外产生法律效力。例如，某些内设机构可能被授权处理特定事务或签订特定合同。

2. 使用范围：内设机构印章的使用范围必须严格限定在其职责范围内。超出职责范围使用印章，可能导致印章效力被否定，甚至引发法律责任。

3. 印章管理：内设机构应建立健全印章管理制度，加强用印管理，严格审批手续。未经本单位领导批准，不得擅自使用单位印章。否则，可能导致印章被滥用或伪造，进而影响其效力。

四、法律后果与风险提示

1. 无效行为：如果内设机构未经授权或超出职责范围使用印章，其对外行为可能被视为无效行为，无法产生预期的法律效果。

2. 法律责任：内设机构或其工作人员因滥用或伪造印章而给他人造成损失的，可能承担民事赔偿责任、行政责任甚至刑事责任。

建议：

• 机关部门应加强对内设机构印章的管理和监督，确保印章的合法使用。
• 内设机构在使用印章时，应严格遵守相关规定和授权范围，避免超出职责范围使用印章。
• 如需对外产生法律效力，应尽可能以所属机关的名义进行，并确保得到上级机关或法律的特别授权。

如有任何关于机关部门内设机构印章效力的具体问题或疑虑，可以直接向我咨询。