针对您提出的“自然人独资公司变更股东时有债务怎么办”的问题，这是一个涉及法律责任和债务处理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、自然人独资公司的法律特性

自然人独资公司，即个人独资企业，是由一个自然人投资设立，财产归投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。这意味着，企业的债务不仅限于企业财产，还可能涉及投资人的个人财产。

二、变更股东（投资人）时的债务处理原则

1. 企业债务的独立性：

   • 个人独资企业是独立的民事主体，其债务不因投资人的变更而自动转移或消灭。
   • 变更投资人后，企业仍应以其财产承担法律责任，包括原有的债务。

2. 原投资人的责任：

   • 根据《个人独资企业法》及相关法律规定，原投资人在企业转让前所形成的债务，若未经债权人同意转让，原投资人仍需承担补充连带责任。
   • 这是因为个人独资企业的债务和投资人债务具有一体性，投资人变更实际上涉及债务转让，需经债权人同意。

3. 新投资人的责任：

   • 新投资人成为企业投资人后，需对企业原有债务承担清偿责任。
   • 这是因为与原债务的债权人发生法律关系的相对人是个人独资企业，投资人变更并不导致原企业商事主体资格的消灭。
   • 根据《个人独资企业法》第三十一条，个人独资企业财产不足以清偿债务的，投资人应当以其个人的其他财产予以清偿，且该规定未限定债务为投资人担任期间的债务。

三、具体操作建议

1. 明确债务承担协议：

   • 在变更投资人时，原投资人与新投资人应签订明确的债务承担协议，约定变更前后的债权债务处理方式。
   • 但需注意，该协议仅对双方具有约束力，未经债权人同意，不得对抗债权人。

2. 通知债权人并征得同意：

   • 在变更投资人前，应通知所有债权人，并征得其同意债务转让。
   • 若债权人不同意，原投资人仍需承担债务清偿责任。

3. 办理变更登记手续：

   • 依法向相关行政审批部门办理变更登记手续，确保企业信息的准确性和合法性。

4. 保留相关证据：

   • 保留所有与债务处理相关的证据，包括债务承担协议、通知债权人的记录、债权人同意债务转让的书面材料等。

四、案例分析

以某面粉厂为例，原投资人郭某甲将企业转让给郭某乙，并约定转让前的债权债务由郭某乙承担。但因未经债权人孙某同意，法院判决郭某甲和郭某乙均需对某面粉厂的债务承担补充连带责任。这充分说明了在变更投资人时，必须妥善处理债务问题，并征得债权人的同意。

五、结论

自然人独资公司变更股东（投资人）时，原有债务的处理需遵循法律原则，明确债务承担协议，通知并征得债权人同意，办理变更登记手续，并保留相关证据。只有这样，才能确保债务处理的合法性和有效性，避免不必要的法律纠纷。希望以上解答能对您有所帮助。