如果发现配偶的身份被冒用设立了公司，这确实是一个需要严肃处理的问题。为了有效维护您配偶的合法权益，并防止可能的法律风险，您可以按照以下步骤来处理：

一、收集证据

首先，您需要收集能证明身份被冒用的相关证据。这些证据可能包括：

• 配偶的身份证遗失证明（如果有的话）
• 配偶在公司注册时间段的不在场证明，如机票、火车票、酒店住宿凭证等
• 涉事公司的注册信息、公司章程、股东决议等文件的复印件或扫描件
• 如果可能，进行笔迹鉴定，以证明注册文件上的签名并非配偶所签

二、向工商管理部门（市场监督管理局）投诉

接下来，您应该向公司注册所在地的市场监督管理部门投诉。提交详细的投诉材料，包括：

• 身份证被冒用的说明
• 收集到的所有证据

市场监督管理部门会根据您提供的材料展开调查核实。如果确认是冒用登记，他们会撤销该公司的注册登记。

三、向公安机关报案

由于冒用身份信息注册公司可能涉及违法犯罪行为，如诈骗、偷税漏税等，您还应该向当地公安机关报案。携带相关证据前往公安机关，详细说明情况，并协助警方展开调查。

四、向税务部门说明情况

为了防止因被冒用公司可能存在的税务问题而给配偶带来麻烦，您还应该向当地税务部门提供身份证被冒用的证据，并请求其核实情况。税务部门会采取相应措施，以避免配偶被纳入税务失信名单等风险。

五、寻求法律帮助

在整个处理过程中，律师可以提供专业的法律咨询和支持。您可以咨询律师或法律援助机构，获取法律建议，准备法律文件，并在必要时由律师代表您与相关部门沟通协商或提起诉讼。

六、考虑提起行政诉讼（如适用）

如果市场监督管理部门未在规定期限内处理或对处理结果不满意，您可以依据《行政诉讼法》向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决撤销公司登记。

七、加强个人信息保护

最后，为了预防身份证被再次冒用，您和配偶都应该加强个人信息保护意识。不要随意透露身份证等敏感信息，特别是在不安全的网络环境中。同时，定期检查个人信用报告和公司信息，及时发现并处理问题。

后续跟进

在处理过程中，保持与相关部门的沟通，及时了解处理进展。根据需要，持续提供补充证据或信息以协助调查。

综上所述，面对配偶身份被冒用设立公司的情况，您应迅速采取行动，通过合法途径维护配偶的权益。同时，加强个人信息保护意识，避免类似问题再次发生。