在探讨部门规章应当使用“修订”还是“修改”这一问题时，我们首先要明确这两个术语在法律语境中的具体含义及其适用场景。

“修订”通常指的是对法律、法规或规章进行全面、系统的修改，可能涉及结构的调整、内容的增删以及条款的重新编排等。修订往往意味着对原有文本进行了较大幅度的改动，旨在使其更加完善、适应新的社会需求或法律环境。

“修改”则相对更为具体和局部，它指的是对法律、法规或规章中的某些特定条款或内容进行改动，而不涉及整体结构的调整。修改可能是对原有规定的细化、补充或修正，以解决实践中出现的问题或适应新的情况。

在部门规章的语境下，选择使用“修订”还是“修改”，主要取决于规章改动的范围和程度。如果规章需要进行全面、系统的更新，以适应新的法律环境、政策导向或社会需求，那么使用“修订”更为恰当。例如，当部门规章因应国家法律法规的更新而需要进行全面调整时，就会采用“修订”的方式。

相反，如果规章的改动仅涉及某些特定条款或内容的微调，而不涉及整体结构的变动，那么使用“修改”则更为贴切。比如，当部门规章中的某个具体规定因实践需要而进行细化或补充时，就会采用“修改”的方式。

从您提供的参考信息中，我们可以看到无论是行政法规还是部门规章，在实际操作中都既有使用“修订”的情况（如《中华人民共和国水法》的修订），也有使用“修改”的情况（如《机关事务管理条例》的多次修正）。这进一步说明了“修订”和“修改”在法律语境中的灵活性和适用性。

总结来说，部门规章应当使用“修订”还是“修改”，并没有一个固定的标准，而是需要根据规章改动的具体范围和程度来决定。如果改动全面且系统，则使用“修订”；如果改动局部且具体，则使用“修改”。这样的选择方式有助于确保部门规章的准确性和适应性，从而更好地发挥其规范和管理作用。