针对您提出的“专项资金拖欠工程款怎么办”的问题，这是一个涉及工程款项支付与法律权益保护的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、行政措施
严格审查项目资金：
- 政府有关部门在审批建设项目时，应严格执行先落实资金、后上项目的原则。这意味着，在项目启动前，必须确保有足够的资金来支付工程款，从而避免后续的拖欠问题。
- 对建设单位上报的项目进行严格审查，特别是对其投资能力的审查。如果审查不严，导致投资不到位，进而造成工程款拖欠，主管部门和相关人员应承担相应的行政责任。
整顿和规范建筑市场经济秩序：
- 各级计划、建设部门应依法查处招标投标活动中的违法违规行为，确保建筑市场的公平竞争。
- 把清欠工程款当作一项重要任务来抓，通过行政手段推动工程款的及时支付。
二、经济措施
工程担保：
- 付款担保是一种有效的保障方式。建设单位和承担担保的第三方与承包单位签订担保合同，保证建设单位按时支付工程款。
- 如果建设单位未按时支付，承包单位有权要求第三方提供承保的未支付款项，以保障自己债权的实现。
工程结算中心：
- 由政府或银行出面组织的工程结算交易系统，可以监控项目资金落实情况，并直接将工程款拨付给施工单位。
- 这种方式既可以直接办理工程款拨付，又可以减少拖欠现象的发生。
三、法律途径
合同签订与管理：
- 建筑企业在签订合同时，应明确工程款的支付方式、时间和条件，确保合同条款的合法性和有效性。
- 加强合同管理，确保合同的执行力度，避免因合同执行不力而导致的工程款拖欠。
法律诉讼：
- 如果遇到工程款被拖欠的情况，建筑企业可以通过法律途径来解决问题。这包括向法院提起诉讼，要求建设单位支付拖欠的工程款。
- 在诉讼过程中，建筑企业应提供充分的证据来证明自己的权益，如合同、验收报告、付款凭证等。
四、预防措施
增强自我保护意识：
- 建筑企业应增强自我保护意识，提高信用风险意识，在签订和执行合同中善于应用法律手段维护自己的合法权益。
避免恶性竞争：
- 建筑企业应避免恶性竞争，不要为了拿下项目而答应不合理的条件，如带资承包、垫资施工等。
提高工程质量：
- 建筑企业应提高工程质量，确保工程按时按质完成，避免因工程质量不合格或延误工期而给建设单位提供拖欠的理由。
综上所述，针对专项资金拖欠工程款的问题，您可以通过行政措施、经济措施和法律途径来维护自己的权益。同时，也应加强预防措施，避免类似问题的再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。