贷款主体与贷款实际使用方不一致，且与另一家公司签有免债协议的情况下，该免债协议的法律保护效力需具体分析。
一. 贷款主体与实际使用方不一致的法律问题
贷款责任归属：根据《中华人民共和国民法典》第六十一条，公司作为法人，其法定代表人以法人名义从事的民事活动，包括贷款行为，其法律后果由法人承受。这意味着，即使贷款不是由本公司直接使用，公司作为贷款主体仍需承担贷款合同约定的义务和责任。
内部责任追究：公司可依法追究实际使用贷款的公司或个人的责任，要求其承担因违约造成的损失。但这一内部责任追究不影响公司对外部债权人（贷款机构）的责任承担。
二. 免债协议的法律保护效力
免债协议的有效性：债务免除协议若符合法律法规的所有要求和条件，便具备相应的法律效应。具体而言，若双方具有相应的民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议通常具有法律效应。
免债协议对外部债权人的影响：需要注意的是，免债协议仅对协议双方（即贷款主体和实际使用方）具有约束力，通常不影响贷款主体对外部债权人（贷款机构）的责任承担。除非贷款机构明确同意并参与了免债协议的制定，否则该协议不能作为贷款主体对抗贷款机构的依据。
三. 建议与注意事项
明确贷款用途与责任：在贷款合同中明确约定贷款用途，并确保贷款资金按照约定用途使用。同时，在内部协议中明确约定贷款实际使用方的责任和义务。
谨慎签订免债协议：在签订免债协议前，应充分了解其法律后果和风险。确保协议内容合法、明确，并充分考虑对外部债权人的影响。
加强内部管理：建立健全的内部管理制度，明确贷款申请、审批、使用与偿还等流程，防止因管理混乱导致贷款资金被挪用或滥用。
法律咨询：在涉及复杂法律问题时，建议及时咨询专业律师，以确保公司权益得到最大限度的保护。
我的观点是，贷款主体与实际使用方不一致的情况下，免债协议对外部债权人的约束力有限。公司应谨慎处理此类贷款和免债协议，确保合规性并降低法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。