结论前置：借别人五千元，三个月后还六千元，这种约定是否合法，主要取决于双方约定的利息是否超过了法律规定的上限。若该利息未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍，则是合法的；若超过，则超出部分的利息不受法律保护。

法律分析

首先，我们需要明确的是，民间借贷中的利息约定并非完全自由，而是受到法律的限制。根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借贷双方约定的利率未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，出借人请求借款人按照约定的利率支付利息的，人民法院应予支持。若约定的利率超过这个标准，则超出部分的利息不受法律保护。

具体计算与判断

1. 确定LPR标准：

   • LPR是由中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心每月公布的一次，它反映了市场上资金借贷的平均成本。
   • 在判断利息是否合法时，我们需要查找合同成立时的一年期LPR标准。

2. 计算合法利息上限：

   • 假设合同成立时的一年期LPR为X%，则合法利息上限为4X%（即LPR的四倍）。
   • 以五千元为本金，三个月（即0.25年）为期限，合法利息上限为：\(5000 imes 4X\% imes 0.25\)。

3. 比较实际利息与合法上限：

   • 实际约定的利息为1000元（6000元-5000元）。
   • 将实际利息与上述计算出的合法利息上限进行比较。
   • 若实际利息小于或等于合法利息上限，则约定合法；
   • 若实际利息大于合法利息上限，则超出部分的利息不受法律保护。

举例说明

假设合同成立时的一年期LPR为3.85%，则：

• 合法利息上限为：\(5000 imes 4 imes 3.85\% \div 12 imes 3 \approx 192.5\)（元）（这里为了简化计算，我们直接用了年利率换算成三个月的利率，实际计算时应考虑复利或单利的具体约定，但此处仅为示例）。
• 实际约定的利息为1000元，显然远超过了合法利息上限192.5元。
• 因此，在这个假设下，借五千元三个月还六千元的约定中，超出192.5元的部分利息是不受法律保护的。

建议与后果

1. 建议：

   • 在进行民间借贷时，双方应明确约定利息，并确保该利息不超过法律规定的上限。
   • 可以事先查询最新的LPR标准，并据此计算合法利息上限。

2. 后果：

   • 若约定的利息超过法律上限，借款人可以拒绝支付超出部分的利息。
   • 出借人若强行要求支付超出部分的利息，可能面临法律诉讼和声誉损失。

综上所述，借别人五千元三个月后还六千元是否合法，关键在于双方约定的利息是否超过了法律规定的上限。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。