当您发现自己的车子被别人开去并因违法行为被扣时，您可以按照以下步骤来处理这个问题，以确保自身权益不受损害并妥善解决此事：
一、确认违法情况与责任归属
了解违法事实：
- 首先，您需要与驾驶者沟通，了解其驾驶期间的具体违法行为，如交通违章（闯红灯、超速等）或更严重的刑事犯罪（如盗窃、抢劫车辆后违法驾驶）。
- 若无法直接联系到驾驶者，您可以通过查询交警部门或相关执法机构的信息来获取违法详情。
收集证据材料：
- 搜集车辆所有权证明，如行驶证、购车合同等。
- 如果有行车记录仪，保留相关视频资料。
- 查找可能的监控录像或通讯记录，以证明车辆被未经授权使用及违法事实。
责任划分：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》，违法行为原则上由实际驾驶者承担法律责任。
- 若驾驶者拒绝承担责任或无法联系，您作为车主可能需先行处理违法记录，但务必保留追偿权利。
二、处理违法记录
准备必要证件：
- 整理行驶证、身份证等证件。
- 若非您本人驾驶，还需准备驾驶者的驾驶证信息（如果可能的话）。
查询违法记录：
- 通过官方交通违法查询系统（如交管12123 APP）或前往交通管理部门获取详细违法记录。
确认处罚并缴纳罚款：
- 核实违法事实后，填写处罚确认书。
- 在规定期限内缴纳罚款，避免逾期产生额外费用（如滞纳金）。
保留处理记录：
- 在处理过程中，保留所有缴费凭证、处罚决定书等文件，作为日后追偿的依据。
三、针对不同违法情况的应对措施
交通违章：
- 督促驾驶者及时处理违章。若其拒绝，您作为车主需自行处理并承担相应后果（如扣分、罚款）。
- 之后，您可以通过法律途径向驾驶者追偿这些费用。
刑事犯罪：
- 如果涉及刑事犯罪，立即报警并配合公安机关调查。
- 咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何维护合法权益。
四、预防措施与注意事项
出借前审查：
- 在出借车辆前，确保借车人具备合法驾驶资格，且未饮酒或服用违禁药物。
定期检查：
- 定期查看车辆是否有未处理的违法记录，避免产生额外费用或法律后果。
签订书面协议：
- 对于频繁出借车辆的情况，建议与借车人签订书面协议，明确双方权利义务，特别是违章责任的承担。
五、法律途径与追偿
协商赔偿：
- 尝试与驾驶者协商解决损失赔偿问题，包括车辆损坏、贬值、处理费用等。
提起民事诉讼：
- 若协商无果，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求驾驶者承担赔偿责任。
- 提供充分证据证明损失与违法行为之间的因果关系，以及您作为车主所遭受的实际损失。
综上所述，面对车辆被他人驾驶并涉及违法的情况，您应冷静应对，明确责任归属，按照法定程序处理违法记录，并采取有效预防措施避免类似情况再次发生。同时，通过法律途径维护自身权益，确保损失得到合理赔偿。