构成徇私舞弊不征、少征税款罪的，一般处五年以下有期徒刑或者拘役；造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。对于少征税款1000万且已补缴全部税款损失的情况，具体判几年需结合案件细节综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、法律定性

根据《中华人民共和国刑法》第四百零四条的规定，税务机关的工作人员徇私舞弊，不征或者少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失的，构成徇私舞弊不征、少征税款罪。此处的“重大损失”，一般是指造成国家税收损失数额在10万元以上。而“特别重大损失”，通常指造成国家税收损失数额在50万元以上。少征税款1000万，显然已远超“特别重大损失”的标准。

二、量刑标准

1. 基本量刑：

   • 构成徇私舞弊不征、少征税款罪的，一般处五年以下有期徒刑或者拘役。

2. 加重情节：

   • 如果造成特别重大损失（如本题中的1000万），则处五年以上有期徒刑。

三、补缴税款的影响

虽然行为人已经补缴了全部税款损失，但这并不意味着可以免除刑事责任。补缴税款只能作为量刑时的一个考虑因素，表明行为人有一定的悔罪表现，可能在一定程度上减轻处罚，但不会改变犯罪的性质和基本的量刑幅度。

四、其他量刑因素

在具体量刑时，法院还会考虑以下因素：

1. 行为人的主观恶性：

   • 如行为人是否出于徇私舞弊的动机，是否故意不征或少征税款。

2. 行为的具体手段：

   • 如行为人是否利用职务之便，是否采取了隐瞒、欺骗等手段。

3. 社会影响：

   • 如该行为是否对当地税收秩序造成了严重破坏，是否引发了社会舆论的关注。

4. 行为人的前科情况：

   • 如行为人是否有过类似的前科记录，是否属于累犯或惯犯。