职工在职期间病假是否会影响年终奖，主要取决于用人单位的规章制度和劳动合同的约定。以下是对此问题的详细分析：
一、规章制度或合同有明确规定的情况
执行依据：
- 若用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了病假与年终奖的关系，例如病假天数达到一定标准即影响年终奖的发放或发放比例，那么应按照该规定执行。
实例说明：
- 假设某公司规定，员工当年病假累计超过30天则不享受年终奖，或者病假每超过10天，年终奖降低20%。在这种情况下，员工需要根据自己的病假天数来评估年终奖的发放情况。
二、规章制度或合同无明确规定的情况
自主决定：
- 在规章制度和劳动合同均未对病假与年终奖关系作出明确规定时，年终奖的发放通常由用人单位根据自身经营状况、员工整体表现等因素自主决定。
考虑因素：
- 尽管病假可能在一定程度上影响员工的工作绩效和出勤率，但用人单位应遵循公平合理、诚实信用的原则，不能随意以病假为由克扣年终奖。员工的实际工作贡献、病假期间的表现等也应作为评估年终奖的参考因素。例如，如果员工在病假期间仍通过远程工作等方式为公司做出了贡献，那么用人单位在决定年终奖时应当予以考虑。
三、劳动者权益保护
协商沟通：
- 如果劳动者认为用人单位以病假为由不发放或不合理发放年终奖侵犯了自己的权益，应首先与用人单位进行协商沟通，尝试解决问题。
法律途径：
- 如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如劳动合同、规章制度、病假证明等，以证明自己的主张。
四、实际操作建议
了解政策：
- 劳动者应主动查阅所在单位的规章制度或咨询人力资源部门，以明确病假对年终奖的具体影响。这样可以帮助劳动者更好地规划自己的病假和工作安排。
合理规划：
- 在了解单位政策的基础上，劳动者可以合理规划自己的病假和工作安排，以减少对年终奖的不利影响。例如，如果知道病假天数会影响年终奖的发放，那么劳动者可以尽量在不影响工作的情况下安排病假。
总结来看，职工在职期间病假是否会影响年终奖并没有一个统一的答案，而是取决于用人单位的具体规定和实际执行情况。因此，我建议劳动者充分了解所在单位的政策，并在必要时与用人单位进行协商沟通或寻求法律途径来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。