当您发现逾期后银行卡被扣钱，这通常是因为银行根据与您签订的协议，在您未按时还款的情况下，依约进行了扣款操作。针对这种情况，您可以按照以下步骤来处理：
一、明确扣款原因
首先，您需要确认扣款的具体原因。这通常可以通过查看银行交易记录或联系银行客服来获取。扣款可能的原因包括但不限于：
- 信用卡透支未还：如果您持有的是信用卡，且透支后未按时还款，银行会按照协议从您的银行卡中扣款。
- 贷款逾期：如果您有银行贷款且逾期未还，银行同样有权从您的银行卡中扣款。
- 其他费用：如年费、滞纳金等，也可能因逾期而产生并被扣款。
二、根据原因采取相应措施
如果是信用卡透支或贷款逾期：
- 及时补缴欠费：尽快将透支或逾期的款项还清，以避免产生更多的滞纳金和利息，同时维护您的信用记录。
- 与银行沟通：如果您暂时无法一次性还清欠款，可以与银行协商分期还款或延期还款的方案。
如果是银行系统故障或操作失误：
- 联系银行：及时向银行说明情况，并提供相关证据（如交易记录、短信通知等），要求银行核实处理并尽快恢复被扣款项。
- 保留证据：在处理过程中，注意保留好所有与银行沟通的记录和证据，以备不时之需。
如果对扣款存在争议：
- 与银行协商：首先尝试与银行协商解决争议，看是否能够达成一致意见。
- 向监管部门投诉：如果协商不成，您可以向银行业监管部门投诉，反映您的问题并要求处理。
- 通过法律途径解决：如果投诉仍无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如向法院起诉要求查明原因并维护自身合法权益。
三、预防未来类似情况
为了避免未来再次发生类似情况，您可以采取以下措施：
- 设置还款提醒：利用手机银行、日历等工具设置还款提醒，确保按时还款。
- 了解协议条款：仔细阅读并了解您与银行签订的协议条款，特别是关于还款、扣款等方面的规定。
- 保持良好信用记录：按时还款、避免逾期，以维护良好的信用记录。
总之，当您发现逾期后银行卡被扣钱时，首先要明确扣款原因，然后根据原因采取相应的措施来解决问题。同时，也要注意预防未来类似情况的发生。