核心结论：若未将出资人作为设立的有限公司股东，可通过协商补救、修改公司章程并办理工商变更登记，或通过法律途径解决争议。以下是具体分析：

1. 协商补救与章程修正

• 协商解决：若出资人实际出资但未被登记为股东，首先应与其他股东协商，明确其股东身份及权益（如股权比例、分红权等）。协商一致后，需修改公司章程，将出资人列为股东，并明确其权利义务。
• 工商变更登记：根据《公司法》及工商登记要求，修改章程后需向市场监管部门申请变更登记，将出资人正式登记为股东。未完成变更登记的，出资人可能无法以股东身份对外主张权利。

2. 法律途径：确认股东资格

• 诉讼确认：若协商无果，出资人可向法院提起“股东资格确认之诉”，要求法院判决确认其股东身份。法院将审查出资事实、公司章程、股东名册、工商登记等证据，综合判断是否确认股东资格。
• 证据要求：出资人需提供出资凭证（如银行转账记录）、其他股东认可其股东身份的书面文件、参与公司管理的证据等，以证明其实际履行了股东义务。

3. 潜在风险与防范

• 权利受限风险：未被登记为股东的出资人，可能无法行使表决权、分红权等股东权利，甚至在公司增资、减资、解散等重大事项中无法参与决策。
• 对外责任风险：若公司债务无法清偿，债权人可能以“未履行出资义务”为由追究出资人的责任（即使出资人已实际出资，但未登记可能导致举证困难）。
• 防范建议：在设立公司时，务必确保所有实际出资人被登记为股东，并保留完整的出资及股东会决议等文件，以避免后续纠纷。

4. 特殊情形处理

• 隐名股东问题：若出资人通过他人代持股权（隐名股东），需签订书面代持协议，明确双方权利义务。但隐名股东的股东资格需经公司其他股东半数以上同意方可显名化。
• 出资瑕疵补正：若出资人未完全履行出资义务，需在合理期限内补足出资，否则可能面临被除名或承担违约责任的风险。

总结：未将出资人登记为股东，可能引发股东资格争议、权利受限及法律责任风险。建议优先通过协商补救并办理工商变更登记；若协商不成，可依法提起诉讼确认股东资格。如有具体案件或证据问题，可进一步向我咨询。