明确结论：信用卡诈骗通过法院判决后已归还欠款，但还扣款的情况，可能涉及多种原因，包括但不限于系统错误、未结清的利息或费用、以及可能的执行程序问题。欠款人应首先确认扣款的具体原因，再根据实际情况采取相应的解决措施。
法律背景与解释：
还款责任与民事责任：
- 信用卡诈骗罪属于财产犯罪，犯罪分子在承担刑事责任的同时，并不免除其因信用卡领用合约等民事约定所产生的债务关系。因此，即使因信用卡诈骗被判刑，欠款人的还款义务依然存在。
- 判刑并不等同于债务消灭。无论刑期是否结束，犯罪分子均不能免除其民事还款责任。银行有权继续追讨欠款，包括本金、利息及可能产生的费用。
扣款可能的原因：
- 系统错误：银行系统可能出现故障或错误，导致在欠款已归还的情况下仍进行扣款。
- 未结清的利息或费用：欠款人可能已归还本金，但未结清的利息、滞纳金或其他费用仍可能导致银行继续扣款。
- 执行程序问题：如果法院判决中包含了额外的执行费用或罚款，且这些费用未在之前的还款中结清，银行可能会根据执行程序继续扣款。
法律建议与解决措施：
确认扣款原因：
- 欠款人应首先联系银行，查询扣款的具体原因，包括扣款金额、扣款时间、扣款项目等。
- 如果银行无法提供明确的扣款原因，欠款人可以要求银行提供扣款凭证或相关记录。
与银行协商解决：
- 如果扣款是由于系统错误或未结清的利息、费用导致的，欠款人可以与银行协商，要求银行退还多扣的款项或调整还款计划。
- 欠款人可以提出分期还款或延期还款的申请，以减轻经济压力。
寻求法律援助：
- 如果银行拒绝退还多扣的款项或拒绝协商解决，欠款人可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 欠款人可以向法院提起民事诉讼，要求银行退还多扣的款项并赔偿因此造成的损失。
注意执行程序：
- 如果扣款是由于执行程序导致的，欠款人应了解执行程序的具体内容，包括执行金额、执行时间等。
- 欠款人可以与执行法院联系，了解执行程序的进展情况，并提出自己的异议或申请。
可能的法律后果：
- 如果欠款人未及时确认扣款原因并采取相应的解决措施，可能会导致银行继续扣款，甚至可能面临更严厉的法律措施，如向法院申请强制执行。
- 未履行还款义务将严重影响个人信用记录，导致未来在申请贷款、信用卡等方面遭遇困难。
总结：
信用卡诈骗通过法院判决后已归还欠款，但还扣款的情况可能涉及多种原因。欠款人应首先确认扣款的具体原因，再根据实际情况采取相应的解决措施。如果银行拒绝协商解决或扣款原因存在争议，欠款人可以寻求法律援助以维护自己的合法权益。在处理此类问题时，欠款人应保持冷静、理性，并遵循法律程序进行解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。