结论：当法人和股东意见不和，且股东保管了公章时，法人可以通过与股东沟通协商、遵循公司章程、召集股东会以及必要时以公司名义提起诉讼等途径来解决问题。
分析如下：
与股东沟通协商：
- 法人应首先尝试与保管公章的股东进行沟通，明确指出其扣留公章的行为可能侵犯了公司的合法权益，并要求其立即返还公章。
- 沟通时，法人应保持理性和冷静，避免情绪化的表达，以寻求和平解决的方式。
遵循公司章程：
- 若协商无果，法人需仔细查看公司章程中关于公章保管、使用的相关规定。
- 如果章程中明确了公章保管的流程和责任人，法人可以依据章程的规定，要求该股东交还公章。
召集股东会：
- 如果与股东的沟通以及依据公司章程的处理均未能解决问题，法人可以考虑召集股东会。
- 在股东会上，法人应向其他股东详细说明情况，包括公章被扣留的事实、对公司运营的影响等，并争取其他股东的支持，共同协调解决问题。
以公司名义提起诉讼：
- 若上述方法均无法解决公章被扣留的问题，法人可以考虑以公司名义向法院提起诉讼，请求法院判令该股东返还公章。
- 在提起诉讼前，法人应注意收集和保存相关证据，如与股东的沟通记录、公司章程、公章被扣留对公司运营造成的影响的证据等，以备不时之需。
法律背景与建议：
- 公章作为公司对外表达意志的关键象征，其重要性不言而喻。股东私自扣留公章，不仅可能违反公司章程，还可能对公司的正常运营造成严重影响。
- 在处理此类问题时，法人应始终保持冷静和理性，遵循法律程序和公司章程的规定，通过合法途径来维护公司的权益。
- 如果法人对法律程序不熟悉或担心处理不当，可以寻求专业律师的协助，以确保问题的妥善解决。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
可能的法律后果：
- 如果股东拒不返还公章，且法人通过合法途径未能解决问题，法院可能会判令股东返还公章，并可能对其处以相应的法律责任，如赔偿公司因公章被扣留而遭受的损失等。
- 同时，股东的行为也可能对公司其他股东和债权人的利益造成损害，引发更广泛的法律纠纷。因此，及时、妥善地处理公章被扣留的问题至关重要。