针对您提出的“企业擅自改变国有土地用途怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，企业擅自改变国有土地用途是违反相关法律法规的行为。根据《土地管理法》第五十六条的规定，建设单位使用国有土地时，必须按照批准的用途使用。如果确需改变土地用途，应当经过有关人民政府土地行政主管部门的同意，并报原批准用地的人民政府批准。在城市规划区内改变土地用途的，还需先经有关城市规划行政主管部门同意。

对于擅自改变国有土地用途的企业，相关部门有权进行查处。具体来说：

1. 规划部门查处：

   • 根据《城乡规划法》第六十四条的规定，如果企业未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设（包括改变土地用途进行的建设），县级以上地方人民政府城乡规划主管部门有权进行查处。

2. 国土部门查处：

   • 根据《土地管理法》第八十条的规定，不按照批准的用途使用国有土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令交还土地，并处以罚款。
   • 同时，《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十七条也规定，未按土地出让合同规定的期限和条件开发、利用土地的，市、县人民政府土地管理部门应当予以纠正，并根据情节可以给予警告、罚款直至无偿收回土地使用权的处罚。

3. 住建部门查处：

   • 如果企业擅自改变房屋使用性质（如将工业厂房出租用于商业经营），住建部门也可以依据《商品房屋租赁管理办法》进行查处，责令限期改正，并对违法所得进行罚款。

处理建议：

• 对于已经擅自改变土地用途的企业，相关部门应首先责令其限期改正，恢复土地原用途或按照法定程序办理土地用途变更手续。
• 如果企业在规定期限内拒不改正，国土部门可以对其给予罚款处罚，罚款金额可以根据违法所得的一定比例来确定，以达到警示和惩戒的目的。
• 如果企业确实需要改变土地用途，应当按照法定程序向规划、国土部门提出申请，并签订土地使用权出让合同变更协议或重新签订土地使用权出让合同，同时补缴土地出让金。

总结：

企业擅自改变国有土地用途是严重的违法行为，相关部门有权进行查处并给予相应的处罚。为了避免法律风险和经济损失，企业应当严格遵守土地用途管理规定，如需改变土地用途，必须按照法定程序办理相关手续。希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。