公司承包的工程款直接支付给法人是否合法，需分情况讨论：

1. 若合同明确约定支付对象为法人：

   • 根据《民法典》合同编的相关规定，合同双方应遵循诚实信用原则，按照约定履行义务。若承包合同中明确约定工程款应支付给公司法人，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则支付行为合法。这种情况下，发包方按照合同约定将工程款支付给法人，是履行合同义务的表现。

2. 若合同未明确约定支付对象，或约定支付给公司账户：

   • 在此情况下，工程款通常应支付给公司账户，而非直接支付给法人。因为公司作为独立的法人实体，拥有独立的财产权，工程款作为公司的收入，应归入公司账户，用于公司的经营和发展。若发包方未经公司同意，擅自将工程款支付给法人，可能构成违约，甚至可能涉及侵占公司财产等法律问题。
   • 此外，从公司财务和税务管理的角度来看，工程款直接支付给法人也可能导致公司财务记录混乱，影响税务申报和缴纳，甚至可能引发税务风险。

3. 特殊情况下的支付：

   • 在某些特殊情况下，如法人代表公司处理特定事务，且该事务涉及工程款的支付，发包方可能根据法人提供的合法授权或证明文件，将工程款支付给法人。但这种情况应严格遵循相关法律法规和合同约定，确保支付的合法性和合规性。

法律建议：

• 对于公司而言，应明确承包合同中的支付条款，确保工程款按照约定支付给公司账户或指定的合法接收人。
• 对于发包方而言，应严格审查承包合同，按照合同约定履行支付义务，避免擅自改变支付对象或方式。
• 若双方对支付对象或方式存在争议，应及时协商解决，或通过法律途径解决争议，以维护双方的合法权益。

可能后果：

• 若发包方未经公司同意擅自将工程款支付给法人，公司有权要求发包方承担违约责任，并可能追究其法律责任。
• 若法人擅自接收工程款并用于个人用途，可能构成侵占公司财产等违法行为，应承担相应的法律责任。

综上所述，公司承包的工程款是否可以直接支付给法人，需根据合同约定和法律法规进行判断。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，以便提供更具体的法律建议。