针对您提出的“城市规划区在建违章建筑怎么处理”的问题，以下是根据相关法律法规及实践经验的详细解答：
首先，我们需要明确的是，对于城市规划区内的在建违章建筑，其处理主要依据的是《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。该法第六十四条明确指出，对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的行为，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门有权采取一系列措施。
具体处理方式如下：
责令停止建设：一旦发现违章建筑，城乡规划主管部门会立即责令建设者停止建设，以防止违章建筑继续扩大，对城市规划造成更大影响。
限期改正并罚款：如果违章建筑尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，那么建设者需要在规定的期限内进行改正，并处以建设工程造价5%以上10%以下的罚款。这一措施旨在鼓励建设者主动纠正错误，同时对其违法行为进行一定的经济惩罚。
限期拆除或没收：对于无法采取改正措施消除影响的违章建筑，城乡规划主管部门会责令建设者在规定的期限内拆除。如果违章建筑不能拆除，那么会没收其实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价10%以下的罚款。这一措施体现了对违章建筑的严厉打击，以维护城市规划的严肃性和权威性。
在实际操作中，城乡规划主管部门会结合具体情况，如违章建筑的规模、性质、对城市规划的影响程度等，来综合判断并采取相应的处理措施。同时，他们也会加强与相关部门的沟通协调，确保处理工作的顺利进行。
最后，我想强调的是，城市规划是城市发展的重要基础，任何违反城市规划的行为都将受到法律的制裁。因此，建议广大市民和建设者在开展建设活动时，务必严格遵守相关法律法规和规划要求，共同维护城市的良好秩序和形象。