针对您提出的问题，我的结论是：这种情况是否继续做下去，需综合考虑多方面因素，包括法律风险、公司运营稳定性以及个人职业发展规划等，不能一概而论。
一、法律风险角度
工资发放的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。若老板按照项目分配工资，可能导致某些项目员工工资无法按时足额发放，这违反了法律规定，存在法律风险。
- 若因此引发劳动争议，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
合伙关系的稳定性：
- 合伙关系基于信任和共同目标而建立。若老板开始按照项目分配工资，可能破坏合伙关系的基础，导致合伙人间产生矛盾和分歧。
- 长期来看，这种分配方式可能影响公司的稳定运营和持续发展。
二、公司运营稳定性角度
项目管理的复杂性：
- 按照项目分配工资，需要建立完善的项目管理和财务核算体系，以确保每个项目的成本和收益能够准确核算。
- 若公司缺乏这样的体系，可能导致项目管理混乱，影响公司的整体运营效率。
员工激励与团队凝聚力：
- 工资分配方式直接影响员工的激励和团队凝聚力。若员工认为工资分配不公平或不合理，可能降低工作积极性和团队凝聚力。
- 长期来看，这可能影响公司的创新能力和市场竞争力。
三、个人职业发展规划角度
职业发展与收入稳定性：
- 若您希望在公司长期发展，并追求稳定的收入，那么按照项目分配工资的方式可能不符合您的职业发展规划。
- 您需要评估这种分配方式对您个人收入稳定性和职业发展的影响。
个人价值观与企业文化：
- 企业文化和价值观对个人职业发展有重要影响。若您认为按照项目分配工资的方式违背了您的价值观或企业文化，那么您可能需要考虑是否继续留在该公司。
建议与行动
与老板沟通：
- 首先，您可以与老板进行坦诚的沟通，表达您对工资分配方式的担忧和看法。
- 尝试了解老板采取这种分配方式的原因和目的，以及是否有改进的可能。
评估法律风险：
- 您可以咨询专业律师（比如我），评估这种工资分配方式可能带来的法律风险。
- 根据律师的建议，采取相应的法律措施来保护自己的合法权益。
考虑个人职业发展规划：
- 您需要认真考虑自己的职业发展规划和收入需求。
- 若这种分配方式不符合您的职业发展规划或收入需求，那么您可能需要考虑寻找其他更合适的工作机会。
综上所述，是否继续在该公司做下去，需综合考虑法律风险、公司运营稳定性以及个人职业发展规划等多方面因素。若您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。