下雨天红灯越过停止线停了，一般情况下不会扣分，但具体是否扣分还需根据实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的处理原则
未通过路口：如果车辆在红灯亮起时只是刚刚越过停止线，但立即停住了，且没有继续前行或倒车等违规行为，这种闯红灯行为通常不会被电子眼抓拍，因此不会受到处罚。下雨天虽然视线可能受阻，但只要车辆没有继续移动，就不构成闯红灯。
交警指挥优先：在交警现场指挥的情况下，应优先遵循交警的指示。即使信号灯为红灯，但如果交警示意可以通行，则不构成闯红灯行为。这一点在雨天同样适用。
二、可能被视为违规的情况
越线后移动：如果车辆越过停止线后，又进行了倒车或继续前行的动作，这可能会被视为闯红灯或妨碍交通安全的违法行为，从而面临罚款和扣分的处罚。雨天路面湿滑，更应谨慎驾驶，避免此类行为。
特殊区域规定：在某些特定区域（如学校附近、医院门口等），可能有更严格的交通规则。在这些区域闯红灯，即使只是稍微越过停止线，也可能被视为严重违规。雨天时，这些区域的交通状况可能更加复杂，驾驶人应格外注意。
高清摄像头抓拍：部分路口的高清摄像头能够清晰捕捉到车辆的行驶轨迹。如果车辆明显越过了停止线并停留时间较长，或者存在其他违规行为（如压实线、占用非机动车道等），仍有可能被抓拍并处罚。雨天时，摄像头的抓拍效果可能不受影响，因此驾驶人应遵守交通规则。
三、法律背景与处罚标准
交通信号灯规定：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，交通信号灯由红灯、绿灯、黄灯组成，其中红灯表示禁止通行。不论是雨天还是晴天，闯红灯都是违反交通规则的行为。
闯红灯认定：交通管理部门通常通过电子眼抓拍三张照片来确定车辆是否闯红灯，这三张照片分别是：车辆驶过停止线、车辆到达路中间、以及车辆到达对面路口。只要这三张照片齐全，就会被认定为闯红灯。
处罚标准：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分，并可能面临20元以上200元以下的罚款。
四、建议与总结
严格遵守交通规则：驾驶人在任何天气条件下都应严格遵守交通规则，特别是按照交通信号灯的指示行驶。雨天虽然可能影响视线和行车安全，但并不能成为违反交通规则的理由。
谨慎驾驶：雨天路面湿滑，驾驶人应降低车速，保持安全车距，避免急刹车和急转弯等危险行为。
及时申诉：如果因特殊情况（如避让特殊车辆、救助危难等）而不得已闯红灯，车主可以提供相关证据（如行车记录仪视频、警方证明等），向交警部门提出申诉。经核实情况属实后，有可能撤销相应的处罚。
如果您在雨天驾驶时遇到了类似情况或有其他交通法律问题，欢迎直接向我咨询。