在船上聚众赌博，船是否会被没收，需视具体情况而定，无法一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、赌博行为的法律定性
根据《中华人民共和国刑法》第三百零三条，以营利为目的，聚众赌博或者以赌博为业的，构成赌博罪，应处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。若船上聚众赌博行为构成犯罪，将依法受到刑事处罚。
二、船只是否会被没收的法律分析
作为犯罪工具的没收：
- 如果船只被用作聚众赌博的场所或工具，且该行为构成犯罪，那么根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，作为犯罪工具的财物，有可能被依法没收。但这一决定并非自动作出，而是需要法院在审理案件时，根据船只的具体用途、价值以及与犯罪行为的关联性等因素进行综合判断。
非犯罪工具的船只处理：
- 如果船只并非专门用于赌博活动，或者只是偶然被用于赌博场所，且船主对赌博行为并不知情或未参与，那么船只通常不会被没收。在这种情况下，船主可能需要配合警方的调查，但船只本身不会因赌博行为而受到直接的法律制裁。
行政处罚与刑事处罚的区分：
- 除了刑事处罚外，如果赌博行为未达到犯罪程度，但违反了《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，如参与赌博赌资较大，那么参与者可能会受到行政处罚，如罚款或行政拘留。然而，这种行政处罚通常不会涉及船只的没收，除非船只被明确用作赌博的场所或工具，并且情节严重。
三、法律建议与后续行动
配合警方调查：
- 如果船只因聚众赌博行为被警方查扣，船主应积极配合警方的调查工作，提供必要的证据和信息，以证明船只的合法用途和自身对赌博行为的非知情或非参与状态。
寻求法律帮助：
- 如果船主对警方的处理决定有异议，或者认为船只不应被没收，可以寻求专业律师的法律帮助。律师将根据具体情况，为船主提供法律咨询和辩护服务，以维护其合法权益。
遵守法律法规：
- 无论船只是否会被没收，船主都应严格遵守国家的法律法规，不参与任何形式的赌博活动，也不为赌博活动提供场所或工具。这是预防类似法律纠纷的根本之道。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。